照曾华的改制草案，他把“异世”的三权分立原则巧来了。只是当时的人们还意识不到这一点，而只是以为这不过是曾华分权制衡的帝王之术。将权力分别交给不同的部门，然后互相制衡牵制，达到既能最大程度地帮助他处理国事，又能避免一家独大擅权。
曾华把行政权给了尚书行省，把立法监察权分别给了中书行省和门下行省。而三权分立的第三权－司法权，曾华把它交给了大理寺。大理寺相当于北府最高法院，一是掌司法诉讼，审刑断事，天下断案。凡各地所判案件，定罪至流、死，皆上大理寺审定核准，而大理寺也有权力从地方各级法司调阅审查任何一件它觉得有问题或者是检察总署、法务部、都察院申诉的案件，而它的审判裁决具有最高法律效果。
二是具有律法最高裁定权。地方各级官府有司，一旦有其它有司或者贵族百姓申诉其行为违法，都会先到地方法司审理判决。一旦地方法司认为该有司行为违法，不但其行为无效，主官和相应官员都要被该级检察署诉讼追究责任。而尚书行省、中书行省、门下行省和它们下属的机构有司，则由大理寺直接审判，一旦裁定违法，下场跟地方有司差不多，连平章国事、参知政事也难逃被追究的结果。
大理寺由七名大理寺正卿和十八名大理寺少卿组成，十八名少卿分审刑少卿和断事少卿。分别主理刑事和民事。正卿和少卿由平章国事提名，中书行省通过，门下行省没有行封驳权进行否决，则最后由曾华任命，任期终身。
平章国事是不能任意任免大理寺正卿和少卿，他拥有的只是提名权而已。平章国事只有在正卿和少卿缺额时才有机会提名，要不然就是全体大理寺正卿和少卿跟他意见不合也只能干瞪眼。
由于大理寺正卿和少卿位高权重，除了任命复杂外。免职出缺也非常复杂。因为曾华希望这些司法官能避免外界干扰。保证最大程度上地司法独立。大理寺正卿和少卿只有两种方式离职。一是正卿和少卿年满六十岁。或者是任职满三十年，必须请辞。
这一种请辞的正卿和少卿都会被保留原来的俸禄，享受极高的礼遇。当然，也不免除正卿和少卿自己中途请辞，不过这一类请辞，无论是由于身体原因还是其它“压力”，都不会享受到前一类请辞的待遇。
二是正卿和少卿审刑断事不公。有违法渎职的嫌疑，或是昏庸无用，失职不作为，尚书行省法务部，中书行省都察院都有弹劾权，一旦弹劾案在中书行省立案，必须有超过三分之二的朝议郎同意才算通过。而门下行省也没有行使封驳否决权，那么曾华就会依据该弹劾决议案罢免被弹劾的大理寺正卿和少卿。
大理寺在各地设分支机构。设州、郡、县三级理判署。是为法司，行理法裁判职权。州理判署设十六名州判官，郡理判署设十四名以上郡判官。县理判署设十二名以上县判官，州判官和郡判官均由大理寺正卿和少卿和议任命，县判官由州判官合议任命，都分审刑、断事。而所有判官和检察官类似，都必须是律法学院毕业地，精通律法。
由此可见，大理寺及其下属地各级法司职权极重，可以极为有效地监督地方各级官府。所以说，地方各级官员除了畏惧喜欢神出鬼没“微服”四处探访地都察院御史，剩下的就是这各级法司的判官。许多喜欢读报刊有“学识”的北府百姓在遇到官府处事不及或者不公时，最是喜欢去理判署，一张讼纸就可以把官府告了。断事判官和当地官府的行政官员有很大不同，从进学到为官都不是一个“系统”的，攀不上什么交情。而且断事判官在每一个地方只能任职三到五年，过后就会转到其它地方去了。加上法司的费用俸禄等拨款都是由户部直接拨付，再在内部一级级下发，跟各地官府没有太多地关联。所以法司判官们断起案子来可没有那么好交情可讲，而一旦被他裁断违法，不但以前的行政处理无效，还要背上处分，不比被御史弹劾来得轻松。
接下来是非常关键的军事机构。
按照草案，曾华以大将军职总领北府最高军队领导权，以下设枢密院，算得上是北府总理军务的最高机构。主官是正三品上“同知军事”，由谢艾出任。
这里需要提到的一句是谢艾归附北府后，除了治军理政之外，就是非常热衷学习“曾氏兵法”。他原本就是一位“知兵”的大家，但是在长安却是把自己当成学生，不但去长安武备学堂旁听，还虚心向曾华和跟随他多年的将领们请教。几年下来，谢艾居然将“曾氏兵法”非常系统地写成好几部书，还以此为基础，充分发挥、完善和补充，居然写出了《军略》三百篇，成为长安武备学堂的经典教材之一。原本谢艾卸任凉州刺史之后倒是很属意去做长安陆军军官学院地教正，但是曾华怎么能放过他呢，直接任命他为枢密院同知军事。
同知军事地副职是同知枢密院事，设两名，分别是甘和刘顾。跟尚书行省一样，同知军事的命令没有一名同知院事的副签是无效地。
枢密院的职权非常大。首先，它最大的权力就是只有它才有调兵权和指挥权。一旦有战事，只有枢密院能够接受大将军曾华的授权，调遣北府各处陆海军，组建战时军队制度，发布作战目的，下达作战命令，通知尚书行省陆海军部立即执行动员令等等。从很多功能上看，曾华把它按照“异世”总参谋部来设置的。
枢密院下设两署五司。等同于尚书行省地部。
军机参谋署，平时负责整理军事情报，并以此为据进行分析和推演，给出时局报告。并定期组织各
和府兵进行联合演习，考课各级主管军官将领。它特殊的职权，那就是负责管理北府各陆海军军官学院以及组织每年的军官毕业考试，并有优先录选优秀毕业军官的权力。而在战时，军机参谋署就自动成为作战指挥中枢。负责全局的作战指挥。发布战略命令。主官是军机都事。由谢艾兼领，并设军机主事十余人，分领各科，每科均对应不同区域，均属有参谋数十人。
军法署是北府军队内部的理法裁判机构，负责北府军队内部违法违纪事件的裁定，并量刑判定惩戒。军法署在军队各部中以营设为基础设军法庭。派驻军法官。设大军法官十名合议总领该署事务。
军政司，这是一个“老机构”，负责任命和管理北府陆海军的书记官。而书记官主要负责军队将士们地“思想工作”，照行北府军中特有地“军人荣誉准则”。
北府军人荣誉准则就是以“勇气、责任和荣誉”三**则为基础，完善细分制定出来地北府军人职业道德守则，并在日常工作生活中严格执行，培养出北府军人特有的气质。而书记官则是负责向北府军将士灌输这种思想。正是执行这种荣誉准则、书记官制度加上北府在军功上的极度重视，才会让北府军将士们充满了荣誉感。成为被桓温叹为“仅论士气。已是天下翘首”的雄师。
书记官除此职责外，还要督护军法军纪，纠察官（原军法官）是他的副职。统属军政司。纠察官负责维持所在部队的纪律。平常时有权对违纪事件进行处理，对违法事件进行诉讼。而战时则和书记官一起，行使对违纪违法事件的暂时处理权，战后再由军法庭进行正式裁决。
军令司负责枢密院所有命令文书地下派传达，而它派出的驻部队的军令官则负责保障军令正确顺利地执行。也就是他负责为所在部队的军事主官向上向下传达命令，并监督该命令的正确性。根据曾华改正的北府军制，军令官有权驳回他认为不正确的命令，但是后果极为严重，一旦事后被军法庭或者上一级认定是错误的，则要承担军法责任。而军事主官坚持认为自己命令正确地话，可以与书记官、掌旗官等军官合议，暂停军令官地职务，由掌旗官暂领。
军务司，负责各部队、各兵种装备的采购和品质检查和监督。北府陆、海军所有军械武器的生产都掌握在陆军部和海军部手里，但是各分驻部队和兵种用什么兵器，如何配置都是由军务司编制和决定。它会同各分驻部队地军事主官和军务官，一起在两军部下属的兵工军械厂中进行装备的招标采购，以后后续列装、维护等“质量监督”。
军训司，负责各部队的日常训练，以及各部队训练成果的考课。
军情司，负责有关军事情报的收集，接管了以前的探马司职权，而侦骑处却被划归陆军部管理。军情司还要负责对各地地形进行测绘，绘制成地图，提供给各部队作战使用；以及对各地天文水利、民风民俗等民情进行调查，收集整理后提供给各部队使用。
各军司的主官是都承事一名，副职设副都承事两名。
按照草案，枢密院下属的各部门除了军法署外是不能设分支机构，尤其是做为作战指挥中枢的军机参谋署。军法署却是以派驻各级军法庭的方式分设机构，但是这种机构却不是各部队的正式编制，只是以巡回暂驻的方式处理事务。
其余五司只是以派出各司军官到各级部队的形式行使职权。而各司的派驻军官必须由陆军部和海军部正式任命，成为该部队军事主官的配属军官，而他们的考课由上一级的军事主官和属司军官一起负责，上汇到枢密院各军司，再由各军司通过陆军、海军两部进行调迁升降。
北府“中央”机构基本上确定了，接下来该地方军政机构配置了。
按照草案。地方分州、郡、县三级地方官制。
在行政方面，州设刺史一名，按州的大小和辖民多少为正四品上、下，与各部军司地侍郎、都承事相当。州刺史府按照尚书行省分部的模式分曹治事，共有吏、户、礼、工、商、农、治、民政、法九曹，其中前八曹和尚书行省对应的各部职权大致，而法曹却要小很多，除了管理巡警治安、牢狱囚徒外还主要负责对百姓进行“法制宣传”。各曹主官是长史。和刺史的副职－两名别驾一起组成州刺史的佐官。
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