随着原子弹演示想法的出局，****生组织会议讨论原子弹可能带来的物理影响。小说族奥本海默说，一个原子核爆看得见的效果是十分壮观的，在以2/3英里为半径的范围内它可能会将20000人致死。
格罗夫斯补充到，他的工程师和科学家们对于新武器释放的巨大能量充满信心；他特别强调了原子弹的用处。“我想我有责任劝告大家应该投放原子弹”，格罗夫斯后来回忆道，“毕竟，每天我们许许多多的同胞都在不断失去生命。”主席直率地提醒委员会，已经有20多亿美元投入到原子弹的相关工作中去了。“我们的工作是相当昂贵的，”他事后写道，“随着时间的流逝，我们在这个项目中倾注了越来越多的金钱和力量，政府开始不断促成原子弹的最终使用。”
临时委员会会议的结果就是建议杜鲁门总统使用原子弹并无须警告日本政府，以产生最大限度的心理震撼。委员会建议投放原子弹的目标应是“一个军事装备区或是军工厂，它们紧挨着或是被最易摧毁的房屋和其他建筑物所包围”。
在临时委员会做出决议前，马歇尔将军就已经命令格罗夫斯组织一批科学家和军事战略分析家去评估在日本的潜在攻击目标。格罗夫斯后来写道，目标应该使那里的建设将最大限度地影响日本人继续战争的愿望。如果可能，目标也包括下列一些地方，即还未被空中力量所严重袭击，因为这样便于精确估计由原子弹爆炸带来的损失和破坏。
委员会就目标的确定已进行了许多次会议。到5月28日，将选择锁定在四个城市：
小仓，位于九州最南边的岛屿，是日本最大的军需品工厂之一；
长岛，位于本州的主要岛屿，是一个主要的日本海军保卫队装配点，同时它也是众多军工厂的窝点；
新氵舄，，是日本的一个海港，它包含着一个大型的铁制品厂，一个主要的燃油精炼厂以及一个油料贮备库房；
京都，作为日本的首都已经有多年的历史，也是当前多所大学、宗教圣地和众多军工厂的聚集地。
第二天，格罗夫斯告诉****生目标已经确定，并将名单提交给马歇尔将军。****生要求尽快看到报告。格罗夫斯拒绝了并认为目标的选择是一项军事行动，马歇尔应该先看名单。这位军事委员会部长答道：“这是一个由我自己就可以解决的问题。马歇尔并不能做出决定。”当格罗夫斯最终向****生读出了所选城市的名单时，他立刻将京都从名单中剔除，而对格罗夫斯关于此城市“是为我们提供充分了解原子弹爆炸所带来的影响的地区”的争论充耳不闻。
****生深深地知道自己拒绝这个有诱惑力的目标的原因。16年前，作为菲律宾的地方长官，他曾经访问过京都，并对它的历史古迹以及它在日本宗教和社会中的崇高地位有着深刻的理解。他已经考虑将战败的日本作为美国在亚洲的首要战后基地。他相信摧毁像京都这样的城市只能增加日本民众的愤恨。****生的解释不能说服格罗夫斯；直到波茨坦会议，格罗夫斯还要求部长将京都重新放到目标名单上。到7月份，少将成员柯蒂斯?伊?李梅的XXI轰炸机的指挥官将长崎作为第四个目标城市，京都暂时脱离了危险。
像“曼哈顿工程”其他事情一样，目标委员会和临时委员会的讨论都被列为高度机密。但是研究原子弹的科学家们是一群有对立思想的人，就在没有警告的情况下是否投放原子弹，在全国范围内的实验室里展开了长期激烈的讨论。
这种有科学依据的抗议开始于1944年末，并一直持续不断。格罗夫斯将军作为这个武器的狂热支持者没有预料到这一结果。从一开始，了解“曼哈顿工程”的每一个人都担心德国先一步研制出原子弹。一位科学家回忆说：“我们无时无刻不在被提醒着——赶上德国是我们的职责。”在1943年末，格罗夫斯组织一个调查工作组，负责侦察盟军进入欧洲的情况以及评估德国在原子弹研究方面的进展。格罗夫斯从陆军G-2、海军、战略部门或战略物资局抽调人力。G-2给这个任务取名为艾尔索斯——格罗夫斯的希腊语。格罗夫斯后来说：“我第一个想法就是给这个任务重新命名，但我决定改变这个名字只是为了引起别人对它的注意。”
但是在疯狂的防御准备和激进的修饰背后，日本高层也在暗中一致努力试图光荣地结束战争。自从“珍珠港偷袭事件”以后，美国就一直要求日本无条件投降。因而，对于日本人而言，“光荣地结束战争”仅仅意味着不能接受美国提出的无条件投降的要求。从去年夏天开始，少数日本外交官就秘密派遣密探潜入瑞士、瑞典和苏联，希望找到谋求和平的途径，因为这几个国家的日本大使馆是日本与西方保持联系的少数几条途径之一了。
因为各种原因，那些早些时候派出去的密探没有带回令人鼓舞的消息。随后，1945年4月，斯大林的一个举动使日本人加快了他们和平努力的步伐。苏联通知日本当《苏日中立条约》第二年期满时，他们不会再续约。此时，这两个国家还保持着外交关系，但很明显，苏联正准备参战反击日本。日本当然不希望在抵抗美国的同时，还要提防“苏联熊”从背后偷袭。此时恰逢小矶国昭辞去首相职务，他的继任者是78岁的男爵铃木贯太郎，铃木宣称：“我们没有选择，只能战斗。”然而，铃木私下里却授意外交部长东方茂德可以以任何方式寻求和平，他对茂德说：“在外交事务方面，你拥有一支自由的手。”
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