努尔哈齐想钻苑马寺的空子是有凭据的。
到了晚明，马政已然分成了中央和地方两套系统，在地方马政中，辽东和其他地方又不是同一个行政体系。
早在洪武年间，朱元璋就在辽东等重要边地设立“行太仆寺”作为管理马政事务的独立机构。
至明成祖即位后，不但开始在内地积极鼓励民养官马，又在边地实行集中官牧的办法，特立苑马寺以保障军马的供应。
永乐年间，辽东苑马寺定制为下辖六监、二十四苑，经过三次迁移后，于嘉靖三十一年定位盖州。
苑马寺及其下设的监、苑作为明廷专门设立的组织军士孳牧马匹的管理部门，其主要管理的对象为马匹和相对于马匹数量较少的牧马军人。
以行政系统而言，辽东苑马寺与行太仆寺都直接听命于兵部，与明朝在中央设立的太仆寺无隶属关系。
且它们被建立的出发点都是为辽东边疆马匹之足用提供制度上的保障，因此，辽东仆、苑二寺所管理的马匹都是为辽东边疆广大的卫所军队服务，和中央京营以及其他地方的军队也并无直接关系。
辽东仆、苑二寺作为辽东边疆两个互不统属的马政机构，其职责范围可谓是分工明确的。
行太仆寺作为边区马政的具体负责部门，管理各卫所之军马从生产到使用的整个过程，而且在其监管下从事牧马活动之军人，也全部是辽东各卫所之卫军。
由于卫军的主要任务在于戍防，因此对于养马之责，只能是其从事防御工作中的一项兼职任务。
到了晚明，辽东行太仆寺对于监管各卫所孳生马匹这一项职责已不再发生作用。
而对于苑马寺来说，它的建立是明成祖有意在边区开辟马匹生产中心之举，是明廷特别设立的实行大规模集中孳牧马匹的管理机构。
它独立于各卫所之外，其下设立各监、苑，自成体系，并且作为辽东苑马寺管理下的牧马军人，世代户籍都从属于苑马寺，属于负责孳牧马匹工作的专职人员。
但由于辽东位于苦寒之地，是明代遣戍罪犯最重要的一个地区，苑马寺牧军最主要来源是因罪被发配到辽东的“恩军”。
因此苑马寺自设立后很长一段时间内不受明廷重视，其所属大小官员地位十分低下。
而到了嘉靖后期，辽东的军事形势不断恶化，辽东苑马寺也严重衰败。
原来只负责主持马政的苑马寺卿兼任为兵备道一职，此后，辽东苑马寺卿的职责便由主持马政逐渐转变为主管辽东地方行政、监察及军事事务，苑马寺孳牧之政也开始走向荒废。
“苑马寺现在名义上说是监管金、复、盖三卫，但顶多也就是操练军余、修葺边墙城堡及抓捕逃军流民。”
李成梁认真回道，
“嘉靖十六年冯时雍改革后，连马都养不了几匹了，更别说在大事上说上话了。”
马匹、监苑和草场是苑马寺维系经营的最重要物资条件。
明初时，辽东马匹总量曾一度达到四十万匹，而到了嘉靖后期，苑马寺监苑之畜不盈数百。
苑马寺下辖监、苑大部分被裁革，由六监、二十四苑减少至一监、二苑，减少后的牧苑仅为原来健全时的十二分之一。
嘉靖十六年时，冯时雍对辽东苑马寺进行了改革，打破了苑马寺原不设定额的旧制，并且把明初规定的实行苑马军人进行官牧养殖的办法完全转变为余丁进行民养。
以当时的情况而言，这种责任到户、均摊赔补的措施是符合辽东苑马寺的实际情况的。
但是这种将官牧转变为民养的办法，从根本上来讲，就是把养马的劳务和负担全部转嫁到百姓身上。
从此苑马寺马匹牧养形式由集中管理转变为分散牧饲，原来军士放牧之荒地与军余佃种之熟地之间的界限完全被打破，草场使用不再受到苑马寺控制，官牧草场数额急剧减少。
历史上苑马寺完全颓败的节点是在天启元年。
当时明朝在辽东的军事重地沈阳、辽阳被后金攻破，位于辽河以东之地的苑马寺所属一监二苑及苑马寺卿所辖之地尽被后金占领，辽东苑马寺自此消失在明末辽东战场，辽东再无苑马寺孳牧之马。
“苑马寺受辽东巡抚节制，在边务上自是说不上甚么话。”
努尔哈齐道，
“可如今苑马寺马政衰颓，辽东军马之费均由太仆寺拨给，皇上此番清查太仆寺，便一定会涉及苑马寺。”
“辽东马匹倒损、草场锐减，尚可以推责于冯时雍改革，可其余诸地……”
李成梁接口道，
“官马民牧是祖制，其余诸地，总不能推责于太祖皇帝与成祖皇帝罢？”
辽东战马的供应问题与苑马寺的兴衰可谓是息息相关。
正德以后，辽东马匹时常求助于太仆寺下拨马匹或马价。
在嘉靖三十一年以前，明廷向辽东主要拨付的是马匹，即本色，并且给付的马价银也并无规定必须为买马之费。
而到了嘉靖三十一年以后，太仆寺开始直接拨付马价银给辽东各卫所并规定专门用于马匹购买。
自此之后，中央财政完全承担了补给辽东军马之费。
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