彼时，木叶的宇智波一族不稳的动向使木叶高层有所注意，团藏也因此策划着一举铲除宇智波一族以绝后患的计划。但他无法信任宇智波族人，因而夺取了本想阻止宇智波谋反的止水的右眼，并以“可以保全佐助的性命”为理由劝诱双重间谍身份的宇智波鼬接受消灭一族的任务。鼬一方面为了村子的存续，一方面为了保护弟弟佐助，而接受了灭族任务，并在之后成为逃亡忍者，团藏的计划因而得以实行。
在“根”中途一度解散的时候，团藏曾一度失势，但仍有其成员待在暗部，甚至是继续效忠团藏。当纲手继任为第五代火影时，团藏对她继续贯彻日斩的政策而有所不满，并在新卡卡西班成立时安排自己的亲信佐井进入新卡卡西，让佐井在新卡卡西班的任务中暗杀已经成为叛忍的佐助，但后来由于种种原因而导致暗杀佐助的任务失败。团藏得知此事后，说出“感情带来仇恨，仇恨导致战争”的话语。
原著中，之后“晓”的首领佩恩为了捕获九尾而袭击木叶，团藏为了趁机夺取火影之位，而杀了正要前往妙木山通知战事的联络蛙孝介，试图隐瞒战事来牵制住鸣人的行动范围；并召集过去的“根”成员，下令让木叶陷于佩恩入侵的苦战中而不伸出援手。纲手在佩恩入侵一战后因虚耗过度陷入昏迷中，团藏便趁机在火之国会议中直指纲手已不能履行职责，应委任新一任火影，更力数过往火影治理上的不当，唯有自己才是最理想的人选，最终被大名指定为“第六代火影”。
原著中，团藏在成为火影后立刻将宇智波佐助定为叛忍并下达追杀令，亦允许雷之国忍者前往追杀。其后前往参加五影会谈，他利用先前夺取的止水写轮眼控制了铁之国大将三船，企图夺取忍者联军控制权，但被拥有白眼的雾忍青所识破。于是团藏向其他四影道出自己有意效法初代火影统一各个族落那样来统一整个忍者世界，并且会不惜一切代价来完成这个目的，这样忍者世界才能步入真正“和平”的道路，但他的想法遭到其他四影的反对。
而此时佐助也因为宇智波带土的讲述而知晓了关于鼬的真相，打算杀死木叶高层来告慰鼬的遗憾，并乱入五影会谈的会场企图刺杀团藏。佐助的行动遭到其他各影以及铁之国武士的阻止，团藏在混乱之中逃脱。
结果佐助在会场中被宇智波带土所救，之后和带土一同追上逃离会场的团藏。团藏利用先前获得的宇智波族人写轮眼施展了禁术“伊邪那岐”，让佐助发动的攻击变得无效。
但在最后佐助利用写轮眼的幻术破解了团藏的伊邪那岐，团藏因此身受重伤，为了保存实力而挟持了在场的香磷打算逃跑，但一心复仇的佐助完全不顾香磷的安危，将团藏和香磷一同贯穿。团藏在临死前为了死守止水之眼，发动了里四象封印术打算与佐助、带土同归于尽，但最终失败。
团藏在死前感叹到自己到最后都没能成为火影，自己无论如何都无法追上日斩。并评价日斩和自己道“你是沐浴阳光的木叶。我是深埋地下的根。”
所以说，团藏这个人，虽有枭雄之姿，行的也是枭雄之事，只可惜他的运气实在是不够好，连续数次火影之位都与他毫无关系，所谓的六代目，也在之后被旗木五五开所取代。五五开的那个六代目火影是大家公认的，而他这个六代目，则更像是一个玩具。
而且如果没有他的话，整个火影的走向都有可能不会变得不同。
如果没有他，止水也许能够从恒共组织宇智波的侦办扁。如果宇智波的整编能够在尽量少死人的情况下发生的话，宇智波是不是能够重新融入木叶村呢？
如果宇智波真的能保留下来，木叶村将会变得极为强大。
可惜，就是因为他的出手，止水失败了，鼬也只能不得不成为宇智波和木叶村的双面间谍。最终为了保住自己弟弟的名声，甚至亲手杀害自己的父亲。
而这还不算完，最让人难以置信的是，他居然顶着这样的骂名，在晓的内部依旧为木叶服务，鼬和“止水”都是那种不管死了活了，还是能帮到木叶的家伙。
可惜了，太可惜了。
如果宇智波没有灭族的话，他们就能在接下来的各种战斗中，爆发出无比强大的力量，一双成熟的写轮眼即便不经过太严苛的训练，也能爆发出接近上忍的实力、
宇智波一族开眼的数量可不少，这么多堪比上忍的强者如果能够参战，对木叶村来说，绝对是一种超级巨大的提升。
可惜，这一切全都断送子啊了团藏的手中。所以，他为了木叶村，确实是做了很多事情，但同时，他做的这些事情，却有全都是很容易就能将木叶村推入深渊的决定，他没能成为木叶，绝对是木业之幸，火之国之幸，否则鬼知道到底会发生些是什么呢。
而且作为和三代同一个小队的战友，此人不仅资历极深，心思缜密，就连实力也是一点不弱。
风遁·真空波、风遁·真空连波、风遁·真空玉、风遁·真空大玉等风遁忍术，威力强大，加上他的通灵兽梦貘，居然连佐助的须佐能乎都被他打开了一个巨大的口子。
他还曾自行开发了舌祸根绝之印，Uw.ｕnshｕ．此术是木叶暗部“根”专用的咒印术，在舌头上加上咒印。团藏此用来束缚自己部下，让他们不能说出有关自己的秘密，在团藏死后，这些咒印也变得无效。
他还能使用木遁，这是他和大蛇丸合作的结果。
他甚至还能使用伊邪那岐这样的瞳术，他是得到了不少写轮眼，但这些写轮眼的力量他都没有好好的开发过，这些眼睛就只有一个用处，就是让他用来不断使用伊邪那岐的。
伊邪那岐对与宇智波都是非常高端的瞳术，一般的族人根本没可能掌握，偏偏团藏就会用，此人的天赋也是相当的可怕。
就是这么一个资历、地位、经验、智谋、武力、天赋以及心狠手辣等方方面面都比一般忍者要强大太多的男人，居然几十年都与火影之位擦肩而过，他如今变得有些不择手段，其实从客观角度上看的话，是完全能够被原谅的。
但很可惜，不管是纲手还是千叶，都不会站在客观上看待这个问题。在他们的主观之上，团藏罪大恶极，等待他的只有死亡，也只有这么最后的一个可能！
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