水师有内河、外海之分。初，沿海各省水师，仅为防守海口、缉捕海盗之用，辖境虽在海疆，官制同于内地。至光绪间，南北洋铁舰制成，始别设专官以统率之。
其内河水师，天聪十年，自宁古塔征瓦尔喀，以地多岛屿，初造战船。
天命元年，以水师循乌勒简河征东海萨哈连部落。
顺治初，以京口、杭州水师分防海口。八年，始于沿江沿海各省，循明代旧制，设提督、总兵、副将、游击以下各武员，如陆营之制。各省设造船厂，定师船修造年限，三年小修，五年大修，十年拆造。十年，以水师克舟山，增造战黾啵扩充兵额。十四年，增设崇明水师总兵官，调拨江宁、江苏、安徽各省标兵万人，分防吴淞江及崇明诸口。十六年，增设京口左右两路绿旗水师总兵官。十八年，设吉林水师营造斛船及划子船。
康熙八年，增设福建水师总兵官。十四年，改崇明总兵官为水师提督。十七年，设福建水师提督及参将以下各官。二十四年，裁京口右路水师，改左路水师为京口总兵官。二十六年，增设南台水师营，置参将以下各官。二十九年，更定修造战船之制，外海战船哨船，自新造之年为始，三年后，以次小修大修，更阅三年，或大修，或改造。内江战船哨船，则小修大修后，更阅三年，仍修治用之。三十四年，令督、抚、提、镇，凡修理战船银两，不得浮冒核减，致船料薄弱。五十二年，令-缯等船，于船之首尾，刊捕盗各营镇船名，以次编列。五十三年，增设金州水师营于海岛内，选谙习水性者充之。五十六年，设松江水师营。
雍正二年，令沿海各督、抚出洋巡视。其战船向由地方官修造者，改归营员修造。是年，设乍浦水师营。三年，以满洲兵丁未习水战，增设天津水师营，以满洲、蒙古兵二千人隶之。四年，以福建水师常驻内地，不耐风浪，浙江水师尤甚，乃更改旧制，于本省洋面巡哨外，每年选派船弁，在闽、浙外洋更番巡历会哨，以靖海氛。五年，以杭州驻防旗兵抽练水师。江宁驻防旗兵，即以镇江原有战船，隶江宁将军，督率旗兵习水战。寻令旗兵四千人悉习水营事务。令江南、江西各水师营，于弓矢、鸟枪外，增练藤牌、大刀、钩镰枪、过船枪、钺、斧、标弹等武器。战船分大中小三等。增练排枪。湖广水师，每兵千人，增鸟枪四百杆。六年，令水师船厂附近省城者，凡战船造成，在城之督、抚、提、镇会同验看。是年，因浙江水师技艺生疏，乃于福建水师中，择精练之兵，赴浙江教练。寻定浙江战船用木之丈尺，及船身深广之制。奉天水师亦如之。七年，以旅顺水师不谙战务，拨福建水师营精卒赴奉天教练。是年，增浙江乍浦水师营。八年，拨江宁驻防兵八百人隶乍浦营。旋因各省水师营承修造船之员，逐层需索，迨交收后，复盗卖损毁，各营皆然，京口标兵尤甚，令督、抚严惩之。九年，以文武各员承修战船，每多贻误，弊窦丛生，乃严治各员，限期修竣，以除巧脱中饱之弊。
十年，令天津水师大小-缯船所用梗木舵牙及藤篾等具，收存备用。各省战船设承修官，以董造船之役。由督、抚、提、镇委副将、参将，会同文职道、府，领价督修，委都司会同文职府佐，办料修造。隶将军标者，委参领等官办理。大修小修之年，各营呈报有司，题咨承修官，具册领价。江南、江西、湖广、福建、浙江、广东等省，于届修两月前，领银备料。台湾、琼州于四月前备料。天津、山东于八月前备料。各营驾船赴厂，承修官即于次月兴工，如期修竣，违则惩之。其船名号各殊，大小异式，皆因地制宜。山东登州、胶州南北二汛海口-缯船、双篷船，福建大号-缯船及二三号船、双篷z船，江西南湖营沙唬船，天津大小-缯船，京口水师船，苏州、狼山、川沙、吴淞水师船，湖北、湖南、广东各水师船之船身大小，木板厚薄，咸遵定制，令道员会同副将等监视督造。广东外海内河战船亦如之。
十一年，定修造战船限期，直隶限四月，福建、台湾限十月，山东限六月，江西大修拆造限三月，小修限两月，江南限四月，湖广大修拆造限六月，小修限四月，浙江限四月，广东琼州限六月，其馀各厂均限四月。十二年，裁江苏太湖营参将，改设太湖协副将，兼辖浙江太湖营游击各官，定为内河水师营。十三年，议定天津、福建、浙江、广东各战船所需物料，或按年更新，或越年更新。
乾隆元年，议准江南各厂拆造及修理沙唬船、-缯船，两淮厂拆造沙唬船、修造-缯船，于部价外，加津贴银两有差。各厂同之。二年，令山东登、胶南北二汛额设双篷船、-缯船，届修之年，亦增津贴银。三年，拨湖北武昌水师驻汉口，为汉阳水师营中军。议准广东各标营外海战船拆造，视修工大小，加津贴有差。四年，因沿海各省战船报部，有缺少至十之二三者，或侵蚀修船帑银，或赁与商人谋利。令督抚严惩。又谕浙江-缯船拆修视江苏省之例，z艄船视江苏省沙唬船之例，量加津贴。五年，复申禁沿海战船缺少赁用之弊。六年，以台湾远隔重洋，修造战船，仍循旧制。其福建各船厂，兴泉道之泉厂，与兴、泉、永三府协办，汀漳龙道之漳厂，与汀、漳、龙三府协办，盐法道承修之福建厂，与延、邵、建三府协办。七年，裁江苏黄浦营弁兵，改为提标水师右营。八年，加福建三船厂津贴银。十二年，加台湾船厂运费。十四年，令外海、内河水师战船、哨船修竣后，承修官以船身丈尺及器具报有司毋损。
十五年，以闽、浙海洋绵亘数千里，远达异域，所有外海商船，内洋贾舶，藉水师为巡护，尤恃两省总巡大员，督饬弁兵，保商靖盗。而旧法未尽周详，自二月出巡，至九月撤巡，为时太久。乃令各镇总兵官每阅两月会哨一次。其会哨之月，上汛则先巡北洋，后巡南洋。下汛则先巡南洋，后巡北洋。定海、崇明、黄岩、温州、海坛、金门、南澳各水师总兵官，南北会巡，指定地方，蝉递相联，后先上下，由督抚派员稽察。至台澎水师，仍循曩例。
十六年，令福建三江口营大小战船，按季整洗。十七年，令各省水师，除江南省沙唬船、巡快船，福建省-z船，轻便易使，广东虎门协营沙礁迂曲外，其沿海各省战船，一律制备头巾插花，借助风力，以资巡哨。巡船则仿民船，随时修整。五十四年，以外海、内河战船，旧例酌留一半为捕盗之用，其馀各船，次第届期改造，咸令展期三月，福建、浙江、江南、山东各省，咸展期半年。五十五年，以搜捕海盗，战船拙滞，允水师将弁之请，仿民船改制战船，以期迅捷。五十八年，因广东海盗充斥，自南澳至琼、崖，千有馀里，水师战船，虽有大小百数十号，仅能分防本营洋面，不敷追捕，致商船报劫频闻。历年捕盗，俱赁用东莞米艇，而船只不多，民间苦累。乃筹款十五万两，制造二千五百石大米艇四十七艘，二千石中米艇二十六艘，一千五百石小米艇二十艘，限三月造竣，按通省水师营，视海道远近，分布上下洋面，配兵巡缉，以佐旧船所不及。五十九年，以浙江定海县之舟山外有五奎山，外洋船只，皆于此寄泊，实为海滨要区，于定海镇标内，酌拨弁兵，更番戍守。六十年，以沿海战船过于累重，不便捕盗，每届修造，需费尤多，通饬各督抚，届修造之年，俱仿商船之式改造，以所节浮费，为外洋缉捕之用。
嘉庆二年，浙江战船俱仿民船改造。山东战船亦仿浙省行之。其馀沿海战船，于应行拆造之年，一律改小，仿民船改造，以利操防。五年，谕各省水师，向设统巡、总巡、分巡及专汛各员，出洋巡哨。奉行日久，有以千总等代巡之弊。嗣后令总兵官为统巡，副将、参将、游击为总巡，都司、守备为分巡，遇有事故，以次代巡，不得以微员擅代。山东水师，向未有统巡等职名，亦一律行之。九年，因各省师船向遵部颁定式，仅能就近海巡查，不能放洋远出，多改雇商船，出洋捕盗。廷臣建议，战船改商船制度，以收实用。旋谕江苏省滨海之区，屡有盗劫，所有旧式战船，令疆臣仿广东、福建、浙江之例，即行改制。十一年，谕沿海疆吏，当乾隆五十五年，曾严饬统兵官实力训练舟师，乃日久玩生，弁兵于操驾事宜，全不练习，遇放洋之时，雇用舵工，名为舟师，不谙水务。嗣后通饬所辖各营，勒期训练，一切帆舵各技，务皆-习。其最优者，不次擢用，惰者惩之。二十一年，规复天津水师营汛，以闽、浙、两广、两江各省所裁水师，遵旧制募足额数，改隶天津水师，分营管辖。二十二年，增设天津水师总兵官，以专责成。
道光四年，谕福建疆臣，前以闽省战船迟重，驾驶不便，曾裁汰十五船，其馀俟拆修之年，令承修官仿同安梭船式，一律改造。嗣后闽洋米艇，缉捕仍不得力，其已改造之胜字六号米艇八艘无须裁汰外，所有届修之捷字六号十二艘，存营之胜字一号十号两艘，修竣之胜字三号一艘，悉行裁撤。十年，令直隶、浙江、福建统兵官，增拨哨船，梭巡南北洋面。是年，定水师人员一年试验之制，各统兵官随带出洋，亲加考验。又严定改用外海水师人员之制，其外省世职，及陆路呈改人员，有才具可用，或曾立功绩者，由督抚保题。十三年，整顿浙江省水师，增造阔船、舢板船。十五年，以各省水师废弛，惮于出巡，致盗案叠出，严饬水师提、镇实力训练缉捕。十八年，以各省战船每届修造之年，承办各员，冒领中饱，不能如式制造，或以旧代新，或操驾不勤，驯至朽腐，令统兵大臣核实办理。十九年，令督、抚、提、镇禁将弁扣索之弊，并甄汰劣员，如有呈改召募，不得瞻徇。
二十年，以各省战船修造草率，并有迟延积压各弊。福建船厂所修成字四号大船，甫经拆造，即致破坏。自道光六年至二十年，积压各船至三十艘之多。承修各员，悉予惩处。各厂应修之船，一律严催。其水师各船巡洋之馀，各提、镇大员，饬将弁操练-洗，毋任久泊海。又因广东虎门海口为海防中路要区，以西境之香山，东境之大鹏，为左右两翼，嘉庆十五年，设水师提督，节制各路。香山副将所辖水师，兵力稍厚。大鹏参将所辖弁兵，仅九百馀人。道光十年，又分为二营，其所辖大屿山及尖沙嘴洋面，为夷船聚泊之所，乃择要建-台二座，与水师相依护，以澄海副将改为大鹏协副将，移驻九龙山，增额设水师，兼守-台，增造大号中号米艇四艘，快船二艘，在水师各协营，抽配弁兵，巡缉洋面。
二十一年，以外夷船坚-利，旧设外海水师，强弱不敌，等于虚设，拟改水师为陆师，专防内地。寻以海盗滋扰，全恃水师缉捕，广东之虎门，为外海-篱，尤藉舟师之力，乃定议缓裁。
二十二年，以海上用兵，专恃-火，令各疆臣训练弁兵，一律以施放-位有准，为弁兵去取。又以海上用兵二载，闽、粤、江、浙水师，迭致挫败，令四川、湖广等省，采购巨木，速制坚船，驶往闽、浙等省，防守海疆。寻因各省战船，如快蟹、拖风、捞缯、八桨等船，仅能用于江湖港汊，新造之船，亦止备内河巡缉，难于海上冲锋。惟潘仕成捐资新制之船，坚固-用，-亦得力，并仿美利坚国兵船制造船样一艘，又仿英吉利国中等兵船之式，调取各省工匠，改造大船。其例修师船，一律停造，以资挹注。并以船-图说，饬江苏、福建、浙江三省督抚详勘，何者利用，由广东省制成，分运各省。又因湖北省所辖长江千馀里，旧设宜昌镇标，荆州、汉阳各水师营，战船不能载。广东匠役何礼贵曾为外洋造船，能造火轮及各式战船，饬赴湖北，择何项战船利于长江驾驶，即就海船之式，量为变通。裕泰拟造之开浪船，于海战未宜，罢之。
二十三年，饬沿海各提、镇，于每岁出洋及巡洋事毕，所经历情形，悉以上闻。三十年，因浙江省水师废弛，饬有司整治船-，严禁奸民接济海盗，并令沿海将领，按时出洋会哨。又令山东疆臣，以三汛师船，四县水勇，合而为一，统以专员，往来策应，并于扼要岛屿，设置大。
咸丰元年，以长江辖境绵长，令张亮基等购置船-，择要驻守。三年，调广东外海水师拖罟战船，及快蟹、大扒等船百艘，统以大员，由海道驶赴江宁，助剿粤寇。是年，江忠源疏请广制战船，以靖江面。旋令两广督臣，以广东拖罟船式咨行四川、湖广各督抚，或在本省，或在湖北宜昌一带，迅简工匠，造水师船百馀艘，每船载兵五十人，于三月内竣事。兼饬湖南、湖北二省，购船募兵，与长江下游艇船，协力防江。旋以所购民船不合用，乃收买江船之巨者，仿广东船式，安置-位，与广东所募红单船，及赁用拖罟船，驶赴江南剿寇。又以广东内河及滨海各F县，均有捐造缉捕快蟹船，道光间，江海捕盗，悉藉其力。船头藏巨-，旁列子母-，勇丁咸技艺精练，洵水战最长。令各船由海道至长江会师。是年，曾国-试造师船于湖南，以规模过小，乃就广东之拖罟船、快蟹船二种，参酌其制，先造十艘，续增二、三十艘，以能载千斤之-为度。至拖罟船，则由两湖督抚如式制造。
四年，令广东赁用之红单船二十三艘，并修治十九艘，凡四十二艘，统一武员，驶入长江。是年，以粤寇窜扰东南，水师不敷剿堵，下游惟广东红单、拖罟等船渐集瓜洲，上游惟曾国-新造战船，自湖南顺流而下，已达武昌。其九江、安庆等处，尚无战舰，令张亮基、骆秉章购置江船及钓钩等船，裕瑞、夏廷樾在四川采购材料，与骆秉章商办。旋骆秉章以四川造船，江险而途远，水程不便，仍在湖南购料制造。两湖绅士丁善庆，遵曾国-所定之式，已成大板艇五十号，长龙等船亦次第告成。长江剿寇，在江南取胜者，以红单船、拖罟船二种为最，体势雄壮，置-最多，而能顺风不能逆风，宜江面宽阔，不宜港汊。在湖南取胜者，以舢板船、长龙船、快蟹船三种为最，往来轻便，搜捕尤宜，而风急水溜，一下难于遽上，势散而力单。令湖南水师沿江攻剿，与江南水师会合，各用其所长，以期制胜。
六年，以曾国-在江西所造战船，最为得力，令福济选择将弁，率工匠赴庐州仿造，所需洋-，在上海拨款办解。六年，胡林翼以长江水师，自五年春间回驻武、汉以后，战舰无多，乃与骆秉章协商，督率船-局各员，尽力筹谋，水师复振。湖南绅局所制船械，交至营中者，大小战船凡三百馀艘，火药四十馀万斤，-子一百四十万斤，其馀各械咸备，请优诏奖之。水师重在-位，广东运到洋-二百尊，续运六百尊，配置各师船，自武、汉至九江，所向克捷。惟长江水战，上下游形势不同，武、汉以上，利用轻便战船，浔、皖以下，江面渐广，利用巨舰，秋冬风劲宜巨舰，春夏宜小艇，船-之大小，宜因时因地而损益之。请令两广督臣，续购大小洋-，自四百斤至一千五百斤，凡八百尊，尽易旧式-位，以利东征。八年，以天津原设水师，道光间，先后裁撤，乃筹复设，以重海防。令福建、广东疆吏，各抽调大号战舰，备齐-械，由海道驶赴天津，设水师三千人。十年，令清淮筹防局筹款，为防湖水师常年经费，增设淮扬水师营，以保两淮盐场，兼佐陆军。芜湖孤悬水中，令曾国-筹设宁国水师，以攻芜湖，为克金陵之本。增设太湖水师，为克苏州之本。
同治二年，谕沿海督臣举水师将才。又令曾国-所部内江水师，都兴阿所部扬防水师，有胜外海水师之任者，各举以闻。四年，在山东省仿长江战船之式，造长龙、舢板船，于黄河水性驾驶合宜。以水师泊黄、运二河，防堵逸寇，必须分段扼守，而地势绵长，不敷调遣。复由山东增造长龙船，并增舢板船十艘，以武职大员督领巡防。五年，改造江南海口之红单广艇三十艘，合原有广艇凡四十艘，分防海口。六年，整顿福建台湾海防，增置龙艚等船。
七年，曾国-议改水师之制，以江南水师，向分外海、内河二支，外海水师六千七百七十六名，武员一百十八人，内河水师八千二十一名，武员一百三十三人。船数则近稽道光二十四年江南旧例，水师船二百七十五艘，朽坏居多，别造舢板船一百三十五艘，大z船十二艘，约计各船不过载兵二千数百人，而额定之兵数，尚有万馀人。徒费饷项，有水师之名，无舟楫之实，宜大为变通，讲求实际。江苏水师，其营制饷章，悉仿长江水师之例，外海之红单广艇，亦略增其饷，与李鸿章、丁日昌诸臣协力筹办，期于外防与内盗并谋，旧制与新章兼顾。俟章程既定，沿海福建、广东各省水师，均可酌改行之。
八年，部臣定议，从曾国-所陈，改江苏水师为内洋、外海、里河三大支，以资控御。里河水师，以原设提标右营，太湖左营、右营及增设淞北、淞南二营为五营，隶提督统辖。舢板船每营船数不等，一律兴修，不得缺额。所有太湖七营，改为里河五营，其裁员归并提标序补。马新贻等续议，九江水师营改城守营，设陆汛四处。鄱阳营改陆汛二处。洞庭水师营改龙阳城守营。岳州水师营酌留水兵，隶陆路管辖。荆州水师营酌留弁兵有差。九年，谕定安等以宁灵各军，运饷艰难，增造-船，由黄河运送。所有大小战船三十二艘，编为一营，设统带等官。
十年，沈葆桢以外海兵船制成，应简知兵大员督率操练。寻以福建水师提督李成谋为兵船统领。是年，曾国-以江南水师章程初议十四条，嗣由马新贻等增为二十五条，乃删减归并定为二十一条。外海六营，以次巡哨。内洋五营，分定汛界。里河五营，分定汛界。淞南营、淞北营、太湖左营、太湖右营酌增战船。水师营所遗陆汛，移并留防。京口三营陆汛-堤，分别管辖。改定辖营，及留设守备，要汛多留陆兵。定将弁处分则例。规定各营船数。酌定外委员数。酌定裁缺薪粮。营官建衙署地方，各营座船之数，官兵额定数目，书吏名数，雨蓬旗帜等费，官兵粮额，各船酌用枪-数目，各船酌用火药枪-弹，综计饷项之数，下所司核议行之。十一年，丁宝桢调拨福建省所制安澜兵轮赴山东洋面巡缉。瑞麟调拨福建省小号兵轮赴奉天海口巡缉。
光绪四年，裁去广东轮拖巡船水勇二千三百馀人。五年，以各省举办水师，奉天、直隶、山东、江苏、浙江、福建、广东次第驻泊兵轮，编制水师，而沿海各省形势不同，操法未能一律，吴淞口为南北海疆-中之地，乃命江南提督李朝斌为外海兵轮统领，督率各省大小兵轮，定期在吴淞口会操。六年，以新置蚊-船便利合用，续向外洋购置数十艘，募福建、广东沿海精壮之民为水师，分屯北洋各海口。七年，以奉天旅顺口原有旗营，艇船朽坏，弁兵疲弱，悉行裁汰，归陆师巡防，别以快-防海。时丁汝昌由英国率战舰回国，为中国水军航外海之始，乃擢丁汝昌为水师提督。
八年，以江南形势，先海后江，朝议拟以长江水师提督驻吴淞口，狼山、福山、崇明三镇标隶之，以江南提督移驻淮、徐，改福建水师提督为闽浙水师提督。寻左宗棠、彭玉麟议覆，以海防不外战守二端，战宜厚集兵力，守宜因势设险，仍循旧制为宜。福建水师自裁兵加饷后，实存水师六千九百馀人，旗营水师三百馀人，各营拖罾、龙艚、快艇等大小战船实存四十艘，台湾、澎湖战船六艘，大小兵轮十艘，宜联合浙江省水师会操，官制则仍循其旧。
九年，以广东内河之肇庆河面县长六百馀里，仅有小巡船二十馀艘，不敷分布，九龙洋面水浅，大船难于行驶，乃于二处各增设浅水兵轮船。十年，试造尖底舢板船，分布海口。旋以船质弱小，罢之。十一年，彭玉麟以海防日亟，议设水师总统于吴淞，分设二镇：一驻直隶大沽，凡盛京、直隶、山东、江南各海口战船隶之；一驻福建厦门，凡浙江、福建、台湾、广东各海口战船隶之。两镇每年周巡海口，会哨于吴淞。是为南北洋水师建议之始。十二年，议裁减浙江沿海水师。旋浙抚刘秉璋以旧额战船二百五十馀艘，粤寇乱后，购造不及半数。光绪八年，裁水师船十三艘，停修旧船三艘，已符裁兵三成之数。惟巡洋之红单船十一艘，不在额设裁减之例。十四年，因台湾疆土日辟，改安平水师副将为台东陆路副将，改鹿港游击为安平水师游击，任新设地方镇守之职。十五年，以福建内河水师-船旧额共九十八艘，频年裁撤，实存三十艘。每船配置水师六人，专任巡缉内洋。十六年，调拨福建海坛水师驻防福清县属，以靖海盗。十七年，于湖南选锋水师中、前、后、左、右营内，拨一千六百馀人，分防省城及岳州等处，拨长胜、毅安水师四百馀人，分防辰州、沅州、常德等处，拨澄湘水师三百馀人，分防衡州等处，以专责成。是年，因奉天辽河下游旧有巡船，上游则仅有陆队兼巡，未有水师。乃增置长龙-船一艘，舢板船八艘，于练军内选拨弁勇，梭巡辽河上下及省南之洋河。
十九年，令提督黄翼升校阅长江提标五营，上江十三营，下江四营，定训诫之规，禁陆居，戒嗜好，勤练艺，屏虚文，不得蹈绿营之习，日久玩生。闽、浙疆臣会议，以浙江省有元凯、超武二兵轮，福建省有伏波、琛航、靖远三兵轮，与沿海水师协力缉捕。而浙省水师船自裁减后，仅存五十馀艘，闽省自马江战后，仅存艇船二十九艘，乃在宁波海口赁用红单等船八艘，酌拨弁兵，以靖海盗。二十四年，令江苏省之外海、内洋、里河、太湖四支水师，一律酌裁水勇。二十五年，以安徽省江防在下游者为东西梁山，建有-堤-台，在上游者为阑江矶前江口及省城之江心洲，咸有-台，而缺乏水师，乃拨澄清营-船二十五艘，及长江水师之芜湖、裕溪、大通、安庆、华阳各营，联络防守。又令长江五省督抚，各派将领，不分畛域，严密设防。二十六年，以奉天凤凰F沿海一带，素称盗薮，曾由北洋拨兵轮巡洋，其支港各处，宜屯泊水师，乃于大孤山、太平沟、沙河三口岸，各造兵船三艘，酌配水师巡缉。三十四年，因浙江杭、嘉、湖三府捕匪兵单，于原有水师中，抽练游击一队，驻嘉兴府，增练游击三队，分布嘉兴、湖州各河港，以游击小队驻杭州省城，赁用上海商人之小轮船十艘，曳带兵梭船巡水道，以期迅捷。在南洋船坞造浅水兵轮船四艘，配快-八尊，江苏亦制浅水兵轮船四艘，协同内河水师，仿欧西各国章程，编为联队，以资防剿。此整治水师之概略也。
其兵额之增减，船械之配置，各省随时编定。外海水师，北自盛京，南讫闽、广，凡拖缯、红单等船隶焉。内河水师，各省巡哨舢板等船隶焉。奉天、直隶、山东、福建水师船均属外海。江西、湖广水师船均属内河。江南、浙江、广东水师船分属外海、内河。其别练之师，有巡湖水师、巡盐水师、亲兵营、练军营。同治以后，增定长江水师、太湖水师之制，视旧制加详矣。
其巡防之规，外海水师巡防盛京，以协领为总巡，佐领、防御、骁骑校为分巡。直隶等沿海各省，以总兵官为总巡，副将以下为分巡。各于所治界内，率水师沿海上下，更番往来，诘奸禁暴，两界相交之处，戒期会哨，以巡缉情形，申报所属将军、总督、提督，委员稽察。若因风阻滞，各厂到界之日具报。其每岁定期，以二月、四月、五月为始，至九月事竣回营。有引避不巡，或巡而不周遍者，论如军律。其内河水师巡防之制，长江自四川巫山而东，出三江口，至湖广界，经岳州、武昌、兴国至江西界，经九江、江宁、京口等处，东至于海，各省将军、总督、提、镇分委旗标弁兵，沿江游巡，及界而还。
自康熙以后，以外海利用巨舰，内河利用轻舟，故船制屡改，而辖境辽阔，水师兵额，时有增加，遇有战事，增舰尤多。征吴三桂之役，命尚善率舟师入洞庭湖取岳州。及鄂鼐统水师，增造鸟船百艘，沙船四百三十八艘，置水师三万人。征台湾之役，命万正色督率湖南、浙江战船二百艘，由海道赴福建。姚启圣亦修战船三百艘，水师二万人。施琅之克澎湖，用战船三百艘，水师二万人。施世骠之平朱一贵，用大小战船六百馀艘。乾隆间，征缅甸之役，命湖广船匠造船于蛮暮，取道金沙江以攻缅甸，兼调福建、广东水师助之。李长庚之剿海寇，在福建造大船三十艘，名曰霆船，配置大-四百尊，合闽、浙水师全力，转战重洋，遂平蔡牵。
道光以后，海警狎至，木质旧船不敌外洋铁舰之坚利。同治五年，始仿欧洲兵轮船式，于福建省开厂制造轮船。江苏初设轮船四艘。十一年，广东、山东各设轮船一艘，奉天设小轮船一艘，咸配置水师。
其后沿海各省购置兵轮，岁有增益，旧式水师战船分别裁汰。至光绪中叶，综各省外海、内河实存师船之数，奉天外海缯船十艘。直隶外海长龙船二艘，先锋舢板船四十八艘。山东外海拖罾船十四艘，内河哨船六艘。江苏外海轮船二艘，艇船八艘，内洋轮船二艘，舢板船六十艘，内河舢板船、艇船三百八十五艘，长江舢板船七十六艘，督阵舢板船七艘，长龙船十艘，巡哨舢板船一百二十八艘。安徽舢板船二百八十二艘，长龙船十五艘，八团船一艘，枪划十艘，护卡巡船十五艘，督阵舢板船七艘，轮船二艘。江西长龙船十五艘，舢板船二百六十三艘，督阵舢板船六艘，轮船一艘。福建外海长龙船一艘，舢板船十九艘，小艇十四艘，哨船十四艘，龙艚船二艘，-艚船一艘，内河-船三十艘。浙江外海钓船二十七艘，艇船十二艘，龙艚船十七艘，哨船二艘，快船一艘，内河大舢板船五十八艘，中舢板船八十四艘，飞划船四十九艘，长龙船座船二百十三艘，枪船八艘，-船五艘。湖北督阵大舢板船八艘，长龙船十二艘，舢板船一百八十艘。湖南督阵大舢板船四艘，长龙船四艘，舢板船六十艘。广东外海大小轮船二十二艘，巡船十四艘，-船十艘，长龙船一艘，扒船一艘，内河两橹桨船一艘，橹船一艘，桨船四十艘，巡船一百九十六艘，急跳船十五艘，平底桨船二艘，快哨船二艘，快船十四艘，快桨船七艘，z艚船四艘，橹船二艘。
各省战船，咸分隶标营，择地屯泊，以时会哨。外海师船，以海军规制渐立，仅任沿海捕盗之责。各省内河师船，均仿长江水师舢板船之式。惟巡缉等船，分巡支河汊港，利用轻捷，船制少殊耳。
其漕、河水师营制，始于明代隆庆间。清代略更其制。以卫卒专司-运漕粮，以营兵专任护漕，别设城守营守护城池。分漕院与巡抚为二，漕运总督标下，统辖左、右、中三营及城守四营，驻山阳境及漕运要地，分别置兵。淮郡旧为黄、淮二河交注之区，特建两大闸，设河兵及堡夫守之。河营遂与漕营并重，各有副将、参将、游击、守备等官。河营升迁之例，与军功等，专司填筑堤防之事，而缉捕之责不与焉。
清代水师武功之盛，守洞庭而平吴逆，战重洋而歼蔡牵，下长江而制粤寇，东南数千里，威行桴鼓，劳臣健将，蹈厉功名，超逾曩代。及海禁宏开，铁船横驶，舟师旧制，弱不敌坚，遂尽失所恃。时会迫迕，非规画之疏也。
凡直省旧额船数分防之制，分列于篇：曰东三省，曰直隶，曰山东，曰江南，附太湖湖标、漕标各水师，曰浙江，曰福建，曰广东，曰广西，曰湖南，曰湖北，曰安徽，曰长江水师。
东三省沿海各口岸，以金州、旅顺口为尤要。清初即有水师之制。松花江、嫩江贯注吉林、黑龙江二省腹地。所设水师营汛，由吉林而北抵墨尔根、黑龙江一带。至光绪间，旅顺筑海军港，屯驻铁舰，迥殊曩制。其东部之图们、混同江上，时有俄罗斯战舰侵轶，非旧制师船，械弱兵单，所能控制矣。列经制水师于后：
奉天旅顺口，于顺治初年设水师营，以山东-缯船十艘隶之，始编营汛。康熙十五年，设水师协领二人，佐领二人，防御四人，骁骑校八人，水兵五百人。五十三年，由浙江、福建二省船厂造大战船六艘，由海道至奉省，驻防海口。
金州水师营隶城守尉，水兵百人。
吉林水师营，顺治间，设四、五、六品官。光绪十四年，增设总管一人，六品官二人。
齐齐哈尔水师营，康熙二十三年，设总管一人，四品官二人，六品官二人，造船四、五、六品官各一人，领催八人，水兵二百六十八人，后增至五百六十八人，大战船二艘，二号战船十五艘。康熙四十年，拨归黑龙江十艘。雍正间，拨归墨尔根六艘，存大小战船二十五艘，江船五艘，划子船十艘。
墨尔根水师营，康熙二十三年，设四品官一人，领催一人，由本城协领兼辖，凡战船六艘，水兵四十三人，雍正间增战船六艘。
黑龙江水师营，康熙二十三年，设总管一人，五品官二人，六品官二人，领催八人，战船三十艘，水兵四百十九人。四十年，自齐齐哈尔拨船增之，凡大战船十艘，二号战船四十艘，江船十艘，划子船十艘。
直隶省水师，始于雍正四年，设天津水师营，都统一人，驻天津，专防海口，水师凡二千人，省内各河，咸归陆汛，无内河水师。乾隆八年，增设副都统一人，水师千人，大小-缯船二十四艘，仔船八艘。三十二年，以海口无事，徒费饷糈，全行裁汰。嘉庆二十一年，复设水师千人。旋设大名镇，以水师总兵归并大名，实存守备一人，参将一人，千总二人，把总三人，水师四百九十一人。嘉庆十九年，直隶督臣那彦成以官兵虚设，兵船多朽，疏请裁撤，仍并入大名镇。咸丰八年，以海疆多警，增设海口六营，于大沽南北两岸，修筑-台，凡大-台五座，平-台十座，大-九十九尊，水师三千人，以五百人为一营，分编左右六营。九年，改为一千八百人。同治八年，督臣李鸿章疏请酌定营制，设大沽协副将，驻新城海口，防守-台。光绪元年，李鸿章于大沽、北塘等处，增建-台，购置欧洲铁甲快船、碰船、水雷船，以海军将领统之，不隶旧制协标之内。
其内河水师船，始于同治间，仿长江水师之制，设督标水师中营，管带官一人，哨官三十二人，水师四百七十六人，舢板战船三十二艘，驻三岔河口，亲兵总哨官一人，哨官十四人，水师二百二人，舢板战船十四艘，驻西沽河口。
山东，顺治元年，始于登州府设水师营，领以守备、千总等官，凡沙唬船、边江船十三艘，水兵三百八十六人，驻扎水城，分防东西海口。十五年，移沂州镇于胶州，改胶州水师为陆营。十八年，移临清镇于登州，以隶属城守营之水师，改为前营水师。康熙四十三年，增设游击二员及守备以下各官，增水师为千二百人，改沙唬船为-缯船二十艘，分巡东西海口，东至宁海州，西至莱州府，分为前后二营，各专其职。四十五年，以前营水师移驻胶州，巡哨南海，后营水师驻水城，巡哨北海。五十三年，裁后营经制员弁，裁水师七百人，拨-缯船十艘赴旅顺口，仅存前营水师游击等官，-缯船十艘，分南北二汛，以游击、守备分辖兵船之半。雍正七年，每船增兵十人，两汛共增兵百人，增双篷-船七艘，每艘配兵三十人，南汛-船三艘，北汛-船四艘，北汛增将弁一人。九年，又增设-船三艘，增兵一百九十人，每-船共配兵四十人，南北汛各五艘。十二年，增将弁六人，又于成山头增设东汛水师，抽拨南北汛-缯船各一艘，双篷-船各一艘，分配战守兵，拨南北汛将弁四人，配船巡哨成山、马头嘴一带，与各汛会旗，总归水师前营管辖，以本镇统之。列定制于后：
前营水师，游击、守备各一人，千总二人，把总四人，外委千总二人，外委把总四人，水战兵八百人，守兵二百人，-缯船十艘，双篷-船十艘，每船各带脚船一艘。南汛驻胶州之头营子，游击一人，把总二人，外委千总、把总各一人，-缯船四艘，双篷船四艘，共配战守兵四百人，南境巡哨至江南交界之莺游山，东至荣成县马头嘴，与东汛会旗。东汛驻养鱼池，千总、把总各一人，外委千总、把总各一人，-缯船四艘，双篷-船四艘，共配战守兵四百人，南境巡哨至马头嘴，与南汛会旗，北境巡哨至成山头，与北汛会旗。北汛驻登州府水城，中军守备、千总、把总各一人，外委把总二人，-缯船四艘，双篷-船四艘，共配战守兵四百人，南境巡哨至成山头，与东汛会旗，北境巡哨至隍城岛，与直隶水师、盛京水师分界。
江南水师，顺治初年，江苏松江等营，各有捕盗小快船四十艘，常州、镇江等营，各有一、二十艘不等。自康熙七年，查毁沿江海各营出海之船，其内河快船，亦从裁汰。嗣巡抚马祜、提督杨捷疏请苏、松、常、镇四府，各塘汛设水师巡船三百二十五艘，以靖水盗。雍正元年，江苏、浙江督抚会商，以太湖连跨二省，夙为盗薮，乃于湖滨各口，增设水师营汛巡船，分界巡防。其湖内各地，系二省交会者，令参将各率水师会同巡缉。五年，令京口八旗营仿天津水师之制，设京口水师营，分拨京口大小战船二十艘至江宁练习。其驻宁水师，凡满洲、蒙古兵千人，设协领四人，佐领、防御、骁骑校各十二人。是为江南水师之始。
镇守京口左右两路水师，设统兵官二人，分统左右营，各置沙船二十八艘，水-船八艘，犁缯船八艘，舵-手二百二十人，水手、匠役四百九十二人。康熙二十一年，改隶江南提督标下，分为中、左、右三营。三十六年，裁总兵官，设副将以下各官，每营设沙船二十三艘，唬船七艘，小巴船四艘，水手四百六十八人。自雍正二年后，迭有改拨，每营存唬船二艘，小巴唬船七艘，渡马浅船六艘。
江南提督水师标兵，顺治四年，始设参将以下各官，分为中、左、右、前、后五营及城守六营。中营唬船一艘，巡船十五艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘。左营唬船三艘，巡船十五艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘。右营浦江游巡哨船四艘，改设哨船一艘，桨船一艘，二橹哨船一艘，巡船七艘。前营中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船二十二艘。后营唬船一艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船八艘。
松江城守营唬船一艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船一艘。
金山营巡船十三艘。
柘林营巡船四艘。
青村营巡船二艘，小哨船一艘。
南汇营大罟船二艘，小哨船四艘。
川沙营捕匪大罟船三艘，放大罟船三艘，大罟船二艘，小哨船二艘，小号二橹哨船二艘。
刘河营巡船八艘。
吴淞营沙船三艘，-犁船四艘。
福山营沙船四艘，官渡船四艘，巡船十六艘，后改为福山镇标，设总兵以下各官。
太湖营沙船、快船、巴唬船共三十二艘，后改为太湖协标，设副将以下各官。
常州营巡船二十九艘。
江阴营唬船二艘，巡船七艘。
靖江营唬船二艘。
杨舍营巡船二艘。
镇江城守营，顺治十五年，设镇守苏、松水师总兵官，分中、左、右水师三营，各设沙船九艘，-缯船五艘，寻改为参将等官，设巡船二十三艘。
江南督标游兵营，顺治初年，隶操江巡抚标下，设游击以下各官，大唬船一艘，小唬船二十七艘。康熙元年，裁并入督标。
奇兵营，顺治初年，随操江巡抚赴安徽省驻防，改为太平右营，设游击以下各官。康熙元年，裁并入安庆营。
瓜洲营，顺治二年，设守备以下各官，专防江北水汛，唬船八艘。康熙元年，改为参将，并入江南督标。十一年，改为瓜洲城守备，唬船八艘。其各县分防水师，宝应汛船十五艘，-水汛船十四艘，永安汛船二十三艘，高邮汛船十六艘，江都汛船十四艘。
淮安庙湾营，顺治初年，设游击以下各官，沙船五艘，唬船四艘。
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