在游戏三部曲的第三部里，剧情是这样的。
一上来，薛帕德指挥官因为在第一部第二部……主要是第二部里做的事情，关于巴塔瑞星系发生的事情还有收割者的情报接受地球人类政府的问询。
结果一句话没说，收割者舰队就突破了星联舰队组成的层层防线，空降到了地球上。
这种开局把这部游戏的整体氛围，描绘成了一种“绝地反击”“背水一战”的画风。
作为序幕同样也是新手指导关卡的地球沦陷结束后，第一关就是在火星普洛仙人的遗迹，找到了一个秘密武器的设计图。
一个“有可能”终结收割轮回，名为“擎天炉”的超级武器。
就像一开始大家以为质量中继器是普洛仙人制造出来的一样，这个名为“擎天炉”的超级武器设计图也在游戏的很长一段时间里被误以为是普洛仙人制造的。
随着主线剧情的推进，玩家和薛帕德指挥官“们”才知道，普洛仙人也是从他们的前辈那里得到的”擎天炉”设计图。
所谓的前辈，就是对于普洛仙文明来说属于上一个轮回……甚至上上一个轮回的文明。
没有人知道第一个想出“擎天炉”这个法子的文明是谁，游戏里也没有提到过。
但这个方法，被每一个轮回的文明一代一代传递了下来，在传递的同时也根据自己的经验进行了修修补补。
相对于起那些遗迹，相对于躲在不知道那个角落的利维坦们。
“擎天炉”才是真正意义上这个世界的文明传承。
可惜这个传承，也只是“有可能”终结轮回而已，从轮回一直持续到今天就可以看出，那些“先辈”们全部跪了。
而且“擎天炉”也不是什么一次性能解决所有收割者的超级武器……虽然在收割者的协助下，它的确有这个能力。
实际上，“擎天炉”只是给收割者提供了几个选择，几个可以更好的完成收割者最高目标的“选择”
“所以长官你亲自来找我，就是为了防止我做出选择？”薛帕德听完米杉的讲解后，有些疑惑的问道。
“对，因为不管是什么样的选择，你都会牺牲……”米杉说道。
虽然在游戏里兵力足够的话，选择“红光”结局的话，会有一闪而过的画面表示薛帕德并没有死。
不过米杉没有告诉薛帕德。
“牺牲吗？”米杉的话让薛帕德沉默了下来。
“你已经牺牲过一次了，不是吗？”米杉说的是前两部的剧情。
在游戏的第一部和第二部之间，薛帕德因为“太过于活跃”座舰被击落。
在其他人类缅怀自己英雄的时候，那个时候已经是银河系著名搞事分子的塞伯鲁斯，在首领幻影人的带领下。
以倾家荡产的姿态，启动了“拉撒路计划”，强行把阵亡的薛帕德从死神的手里抢了过来。
甚至制造了很多份备用的克隆体，做到随时可以为薛帕德指挥官更换器官……有一份克隆体后来给薛帕德制造了很多麻烦。
那个时候，幻影人还没有被教化，没有觉得控制收割者才是人类真正的未来。
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