有线点阿虎也无法使用而这个时候使徒从海上登录，碇真嗣一行人顺着通风管道朝着地下爬去。
此时碇真嗣命令手下手动做到这个。
明日香责怪碇真嗣偷看自已，随后来人从上面摔下来，正好落在了EVA的准备室。
而后来人遭到了使徒攻击，使徒开始直接入侵。
EVA只有三分钟了，明日香给大家分工以后明日香自告奋勇担当风语者。
紧跟着凌波跳到了井底，费劲消灭了使徒。
三人来到山下，碇真嗣感叹到如果没有灯火星星会非常明亮。
绫波丽却说人类正是因为害怕黑暗才使用火焰赶走了黑暗从而生存下来。
美里看着自已的伤疤，想起了第二次冲击父亲死亡的事情。
大家都在家里为美里升职举行来庆祝仪式。
而这个时候碇真嗣却在南极由于第二冲击南极完全是另外一幅模样。
就在这个时候竟然在天空中发现形势图，使徒开始攻击，不断的更改攻击位置最终目标是据点。
由于使徒释放了干扰，无法通知。
超级电脑做出的决定是全体撤退。
临时负责人美里西大了撤退命令。
随后找到了碇真嗣等弱
电梯中碇真嗣问明日香为什么要驾驶EVA。
明日香回答是为了显示自已的存在。
她反问顶针，碇真嗣却回答不知道。
使徒开始向地面降落，三人驾驶着EVA抵达预定地点。
他们使用足底啊的AT立场，徒手接下了下落的使徒。
明日香驾驶的二号机用离子刀花开屏幕和碇真嗣一起将使徒击杀。
事后，父亲夸奖了碇真嗣，让他有些吃惊。
他告诉美里，他终于明白了自已为什么要驾驶EVA，那就是获得父亲的赞扬和鼓励。
三人开始不借助战斗服直接用很提来进行同步测试。
三个人感觉到和平时测试不同，这个时候零号机出现了暴走。
赤木开始用激光攻击零号机，结果出现了AT立场。
原来又一使徒来袭击而这种使徒竟然是细菌形态。
紧接着使徒入侵了据点，他最终目标是引爆据点。
一台主机被污染做出了其他。
使徒开始继续入侵。
赤木紧急下令更改了逻辑模式以15秒为单位，人为降低了超级计算机的运算速度。
想要彻底消灭使徒唯一办法就是同归于尽，随后请求下令销毁超级电脑。
这一提议遭遇到赤木的拒绝，她认为毁灭掉超级计算机就等于毁灭掉据点。
并且决定自已来承担这个责任，她想要利用剩下的唯一电脑来和使徒专选。
随后赤木带着美里来到内部，她告诉美里，据点的计算机是人格一直到，是她母亲开发的系统。
三个系统其实分表代表欧木清作为科学，母亲和女人的三种人格。
超级计算机就是母亲本人，赤木阻止自爆。
她的程序会加速使徒的进化，但一切进化的重点就是毁灭。
而有智商的使徒也会理解这一点进而会选择和超级计算机共生。
此时第二胎计算机被占领距离自爆还有8秒，终于在最后一秒制止了自爆。
使徒的入侵停止了，而超级计算机也回复了正常。
绫波丽和碇真嗣开始了机体互换实验，在初号机的凌波，同步几率和零号机几乎完全相同。
而碇真嗣有些紧张在同步机地狱平时不过可以接受。
赤木提出傀儡系统可以拿出来了。
实验还在进行碇真嗣脑海中却出现了绫波丽的影子。
紧跟着神经脉冲异常，零号失去控制，最终备用电源耗尽停止了行动。
碇真嗣在医院醒来，头顶上是陌生的天湖北。
阿亮来到了京都，在仓库和来人叹气了关于马尔杜克机关的事情。
马尔杜克是搜寻EVA的驾驶员来人表示阿亮的工作是暗中调查NERV。
原来阿亮的身份是双重间谍。
美里在酒吧喝多了酒，被加持送回了家。
在路上，美说自已自从失去服气那以后就开始在其他人身上寻找影子。
之前和阿亮在一起也是因为这样，感到很对不起她。
阿亮说他被与欧冠拿到钱。
美练说只有是一个只想要利用男人的女人，不配拥有爱情。
明日香一直喜欢阿亮，看到美里晚归，她感觉无聊想找碇真嗣大法时间。
明日香嘲讽碇真嗣是大小鬼。
第二天就醒来后的美里找到了阿亮。
美里面发现了他的双重间谍蛇粉。
阿亮告诉美里，赤木和父亲也想她尹莽了许多事情。随后带领美里来到地下，发现被顶在十字架上的亚当。
大家开始常规才是，美里发现碇真嗣的错是结果，在三个人中最好，夸奖了他。
明日香有点不爽，此时又一使徒来袭击这次使徒是一个漂浮在空中的球体。
通过接触使徒没有出现AT立场。
茨木断定是新型使徒。
初号机抵达现场，明日香建议同步第一的碇真嗣担任先锋，但是真实答应了。
碇真嗣攻击使徒，结果对方小时，然后初号机正下方的地面出现了巨大阴影。
碇真嗣陷了进去。
随后阴影吞没了初号机，此时明日香脚下也出现。
她爬到街上，发现整栋楼都开始陷落。
美里命令俩人退了回来。
随后往外想要拉回机体，如果碇真嗣不操控初号机，就会丢掉生命。
明日香开始嘲讽顶针是火塔不过是测试第一名就开始说。
绫波丽来到明日香面前，她问明日香是不是为了别人的称赞CIA会驾驶EVA。
明日香说是为了自已。
时间已经过去12个小时，碇真嗣驾驶着初号机眼前一片雪白。
赤木告诉打击，地面的阴影是一个纳米空间内部是AT立场，那才是本体。
只有本体被消灭才开始。
此时和EVA一起在使徒体内的碇真嗣发现净化能力开始降低开始出现不妙。
顶针不知道该怎么办。
赤木提出强制就出机会就是将现在的地雷全部投放到中心位置。
然后利用其它的俩太EVA的AT立场，干扰使徒的虚数回路七分之一秒之后在一瞬间将骑爆破。
赤木提到应该以回收EVA为关键，不应该管驾驶员。
赤木斥责美里，他们如此看重初号机的理由是什么，EVA又到底是什么。
赤木让美里相信自已，并且全权负责这次作战。
此时虚数空间的碇真嗣看到了另外一个自已。
另外一个碇真嗣是他的另一面。
这个时候一道光芒闪光，大家看到在球体中出现一个手，初号机从里面走出来。
碇真嗣行了过来他告诉美里只是自已想再见到自已。
第二支部和四号机都不见了，为连发只意外在发生，决定将三号机送到D市。
碇真嗣开始了傀儡机的使用，茨木打算从候补人员中选择第四个。
在休息区，美里告诉阿亮，所谓机关补充子啊，只是在挑选EVA驾驶员然后让美里去调查。
阿亮带着碇真嗣来到了自已终止西瓜的瓜田。
他说自已的爱好存在，看着生物生长有一种美好的感觉。
他告诉碇真嗣知道痛苦的人可以温柔代入。
原来第4任是碇真嗣的同学阿东。
阿东知道自已即将驾驶EVA的消息并没有太多欣喜。
他提出的调价你是将妹妹转移过去。
碇真嗣听说三号机的事情。
三号机的启动顶在宋代，他询问驾驶员是谁。
启动试验一切顺利，美里打算之后告诉。
但是突然三号机出现搞能量反应但是号无效对哦。
茨木意思到是死徒入侵，试验场发生率爆破，EVA全员感到现场，直接进行指挥。
碇真嗣决定放弃三号机标记为十三死徒。
紧跟着三号机攻击了好几又朝着初号机过去。
绫波丽她清楚知道三号机驾驶员是阿东有些犹豫。
三号机发现令他并且时间来到零号机的身后。
父亲下令切断了手臂，零号伤害和那严重。
此时只剩下初号机可以战斗。
碇真嗣操控者初号机，他想到还有和自已的同龄的孩子啊坐在上线此次外发下手。
终于三号机走了过来，一把掐住了初号机的脖子将他按到山上。
但是碇真嗣还是没有反击。
服气你告诉他，上面坐的是敌人，不反击就会死亡。
碇真嗣说那也比杀人好。
碇真嗣下令切断链接竟回路切换为傀儡系统，碇真嗣陷入了黑暗之中。
傀儡系统开始操控傀儡系统，一拳就击败了这个。
初号机完全不同顶针的操作，直接逆隋了这个。
三号机完全消灭，美里得知三号机被出号当成使徒处理掉了。
不知道该如何面对碇真嗣，碇真嗣却听到三号机驾驶员升还。
他终于发现了阿东是驾驶者。
碇真嗣无法接受这个事实拒绝从EVA出来。
他觉得NERV在利用自已并且微笑要进攻。
父亲说自已没有时间听儿子撒娇。
强制拉出了碇真嗣。
在睁开眼睛的时候看到班上。
班长告诉阿东他有几个泥水了三天。
只是阿东没有发现自已左腿没有了。
父亲告诉碇真嗣，自已对他很失望。
随后碇真嗣告别美里准备离开。
碇真嗣下令绫波丽驾驶，。二号机出现杂地面但是攻击无效，使徒切开了这个。
阿亮询问他为什么来。
阿亮说一旦使徒和地下解除。
而自已被开除了，但是碇真嗣可以驾驶初号机这就人类。
绫波丽拿着炸弹开始自爆攻击，但是没有伤害到使徒反而零号机失去了战斗能力。
阿亮让碇真嗣自已考虑这些，碇真嗣看着到底的同伴跑回了据点。
父亲问他为什么回来
他向父亲喊道自已是EVA的驾驶员。
此时使徒来到地下据点完全暴露，初号机及时出现双方斗的难分难解。
使徒切断了初号机的手臂随后和出号一起回到了地面。
发狂的碇真嗣要消灭使徒时候的点亮不足，使徒马上夺回了主动权。
没有电力的初号机一下一下承受着使徒的攻击丝毫不听从碇真嗣的控制。
突然完全断电的初号机睁开眼睛，进入了暴走状态。
初号机最终暴走。
父亲说一切才刚哪款爱上。
战斗过后二号机和零号机都受到了重创，要很长时间回复。
超级计算机建议大家一起转移到过去的据点。
此时初号机停止了行动，碇真嗣还在初号机里面排除新号被拒绝。
这个时候场来了内部影响，里面居然是空的。
赤木说碇真嗣被吞噬了，她说EVA不是单纯的复制品其中有着人类的十香。
美里让赤木想办法拯救碇真嗣。
赤木告诉美里碇真嗣失去自我意识，以量子状态漂流在里面。
变成了肉眼无法砍价你的昨天，而这里也将变成这个其中包括灵魂。
鹰就机会变成促成了肉体字啊恒。
赤木拿出几乎书，这是十年前的原件。原来EVA制造都是会后就有这样的事情。
鹰就计划开始，但是很快就失败。
紧跟着门打开，碇真嗣的作战服有了，美过去抱著作战服哭了起来。
父亲在担心碇真嗣是否还可以活下去。
母亲说只要活下去就可获得幸福。
据点的冬月被绑架了，阿亮被认为是主谋。
由于阿亮和美里的特殊关系，情报科找到了美里带走了她。
东月被带到另外一个势力那里，老人们以为石碑形式和他见面。
黑暗中，冬月听到有了喊他老师于是回忆起以前发生的的事情。
当年冬月是一名教授，当时他所在的学校有一个名字叫阿维的学生。
要毕业了冬月询问阿维以后的算是就职还是继续做研究。U .kａnｓh.
阿维说若果有合适的人，自已会考虑但一名家庭主妇。
而后东月受委托保释了一个名字叫阿渡的人。
冬月似乎不是很喜欢他，但是没想到他居然是阿维的男友。
东月觉得阿渡的目的不承担，也许就是为了接近背后的势力。
第二次冲击后，冬月又一次见到阿渡，他告诉冬月自已和阿外户结婚了。
美里面被囚禁起来，冬月响起当年第二冲击是陨落石冲击导致的。
但是真相不是这样，但是他开始调查问起了阿渡这件事情，来到地下看到了新世界。
但是看到茨木的母亲，参观了EVA的存在。
之后阿渡邀请冬月加入自已的研究。
茨木回忆起了自已大学的时候和美里在一起的时光。
那个时候美里经常翘课，原来美里在和男朋友校外同居，男朋友就是阿亮。
小时候的碇真嗣被母亲带到基地。冬月说孩子不应该来这里。
母亲说应该让孩子看一看光明的未来。
没想到这是母亲在世的最后一句话
在随后，发生率意外，母亲离开了这个世界。
母亲去世以后，阿渡发起了补完计划。
而一只喜欢阿渡的直子博士似乎找到了机会。
长大以后的赤木，加入了据点成为E计划的参加者。
阿渡将绫波丽带到了禁断in。
一只和阿渡有暧昧关系发现凌波和阿外很想。
超级计算机研究成功，赤木告诉母清美里也加入了据点。
而阿亮分到了别的地方俩人分手了。
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