由于系统升级变化，导致以后作战不能把禁卫军作为唯一的作战力量了，必须加大国防军、守备军和雇佣军的使用范围和作战强度，为此，总参谋部对部队做出必要的调整。
调整最大的地方是设立军级单位。
按照总参谋制定的整编计划，首先是对现在政务院管辖地域部队进行整编。原驻军的师长提升为军长，原师参谋长提升为军参谋长，原副师长担任禁卫军的师长；每师下辖一个禁卫军的师，2个国防军的师和1个雇佣军的旅，每师人数大约为62000人。
澳洲军区的部队改编为2个军，群岛军区的部队改编为2个军，苏门答腊军区改编为2个军，加里曼丹军区改编为3个军，爪哇岛的官兵改编为2个军，上京特区部队除羽林卫不参加改编之外，也被改编为1个军；这样一共有12个军，剩余的没有参与改编的禁卫军调回上京驻扎。
12个军的军长是从放出系统的40个近卫师的师长中选择军功和个人提升水平最高的12位师长担任；其中有7位是现有的在职师长，另外5位师长是从北方战区统帅部对调过来的师长。
为了加强各军的作战水平，这次给各军配备的雇佣军全部是从新洲省和虾夷省组建的雇佣军，这些雇佣军全部由日本人组成；上京驻军配备的雇佣军是从杜世辉建立的华人雇佣军中抽调的1个旅，旅长为冯麟阁。
北方战区统帅部一共组建了20个日本雇佣军的旅，这次要抽调11个旅陆续到达上京，接受张伟的系统检查，在检查合格之后，再分配到各军，同时，这11个旅的家属在自愿接受夏帝国安排的原则下会被安排到帝国不同地域安置，原则上会被安置到该旅所在的省份。
同时总参谋部电令肖旭光大都督，继续组建10个日本雇佣军旅；在日本的家庭中，只要有1人能参加夏帝国的雇佣军，就能保证家人吃饱，成为周围邻居羡慕的对象；而日本很多参见过战争的优秀退伍老兵，正是很好的兵员，现在他们生活困苦，正是征兵的好时候。
半岛特别行政区总督杜世辉在收编土匪之后，一个组建了5个雇佣军步兵旅和3个骑兵旅；这次冯麟阁旅被调到上京，立即成为各旅羡慕的对象；该旅官兵家属也会跟随部队到达帝国，家属会被安置到上京郊区居住和生活；剩余的4个步兵旅将会被安排到新洲和虾夷两省驻扎，家属也会随部队前往驻扎的地方安排居住，以便扩大这两个省华人的比例。
为了加强对菲律宾的包围，张伟又要求参谋部对台湾和海南岛的部队进行整编，海南岛的部队改编为2个军，台湾省的部队改编为3个军，为此张伟又从系统中放出6个国防师去海南岛和台湾驻守，从北方战区抽调5个日本雇佣军的旅，完成两地的部队整编。
当发动对美战争的时候，就可以从台湾、海南岛和群岛省各抽调1个军，从南北两个方面发起对菲律宾的攻击。
剩余的4个日本雇佣军步兵旅，分别被安排到南疆和西疆特区驻扎。
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