这一年有安南、乌斯藏入朝进贡。
■万历十三年(1585)春正月十九日，四川建武所兵变，击伤总兵沈思学。
二月初六日，南京生地震。京师自去年八月以来没有降雨。三十日，举行盛大祈雨祭祀。
三月十三日，再次隆重举行祈雨祭祀。十八日，李成梁出塞袭击把兔儿炒花，取得大胜。二十一日，减少杭州织造及尚衣监料银。尚宝司少卿徐贞明督治京畿水田。
夏四月初五，举行盛大祈雨祭祀。初七，由于久旱不雨，朱翊钧诏令各地审理、平反冤案，释放凤阳轻犯以及监禁长时间的罪犯。十七日，又步行至南郊祈祷，对大学士们说：“天大旱，是因为朕不德，也是因为各地有司贪婪，盘剥百姓，致使天怒，今后必须慎选官吏。”免除天下受灾地区一年田租。
五月十六日，下雨。
六月初二，慈宁宫建成。初三，建武所叛军被平定。同月，四川松、茂番人作乱。
秋八月十一日，京师地震。
闰九月初一，赈济淮、凤灾害。初五，朱翊钧到天寿山观看寿宫。初十回宫。二十二日中止行刑。
冬十二月初一，淘汰惜薪司内官冗员。当月，顺义王乞庆哈死去。
这一年有土鲁番、乌斯藏前来朝贡。
■万历十四年(1586)春二月十八日，严禁外官馈送礼物。
三月初三，由于久旱，要廷臣疏陈时政。初八，禁止部曹言事，放弃整治京畿水田。十八日，赐予唐文献等人为进士及第以及其他不同的出身。二十三日，仍然久旱不雨，朱翊钧又命天下修身反省。
夏四月初九，京师地震。
六月二十日，松茂番被平定。这年夏天，赈济直隶、河南、陕西及广西浔、柳、平乐，广东琼山等十二县饥荒。山西始闹盗贼。
秋七月初十，赈济江西灾害。十五日，朱翊钧诏令户、兵二部安抚灾民，严格保甲制度。当月，淇县贼人王安聚众打劫，被剿平。
九月初一，王家屏因父丧去职。二十四日，中止行刑。二十八日，朝廷下帑并派官吏赈济河南、山东、直隶、陕西、辽东、淮、凤灾害。
冬十月初五，礼部主事卢洪春上疏奏请谨慎对待弊端，被施杖刑后削去官籍。
十一月十三日，在京城南郊祭祀上天。
这一年，有土鲁番前来朝贡。
■万历十五年(1587)春正月初三，分国库所藏的金帛以赈济山西、陕西、河南、山东各地宗室。
三月二十六日，乞庆哈之子扯力克世袭顺义王之封号。
夏四月，京师大旱，瘟疫流行。
六月初十，禁令廷臣奢侈。当月，京师连降大雨，朝廷赈济抚恤贫民百姓。
秋七月，江北生蝗灾，江南生水灾，山西、陕西、河南、山东又生旱灾，黄河也在开封决口，朝廷分别给予减免赋税和赈济。
八月初三，朱翊钧以频繁生灾害为由，命各抚、按官员力惩贪官，清理冤案，减免赋税，赈济抚恤百姓。
九月初一，应有日食，但因阴云遮掩而不能看见。初三，中止行刑。
冬十月初五，大学士申时行奏请皇帝批示转留在宫禁中的各种奏章。
十一月初三，郧阳生士卒喧乱，巡抚都御史李材被撤职。
这一年，有哈密、琉球、乌斯藏前来朝贡。
■万历十六年(1588)春三月初十，朱翊钧下诏修改《景皇帝实录》，删去成阝戾王之封号，后来没有实行。山西、陕西、河南及南畿、浙江同时生饥荒和瘟疫。
夏四月，赈济江北、大名、开封各府饥荒。
五月，四川建昌番作乱，被讨伐平定。二十三日，朱翊钧以仓储军械被焚和各省灾伤为由，命内外官员修身反省。
六月初八，京师生地震。十二日，因灾害而停止和减少苏、杭织造。
秋七月初四，免除山东受灾之地的夏粮赋税。十九日，制订考察边疆官员政绩的方法。
八月十四日，朱翊钧诏令从太仓取银二十万两充作阅陵的犒赏费用。
九月初九，中止行刑。初十，朱翊钧到天寿山视察寿宫。十四日，在石景山停留观看浑河。十五日回宫。二十日，甘肃生兵变，巡抚都御史曹子登被罢免。当月，青海部长他不囊进犯西宁，杀害其副将李魁。
冬十一月十二日，禁止空泛、冗长之奏章。
这一年有乌斯藏前来朝贡。
■万历十七年(1589)春正月初一，有日食。初九，太湖、宿、松一带有刘汝国等贼寇作乱，安庆指挥陈越率兵讨伐，战死。
二月十九日，吴松指挥陈懋功讨伐并平定乱贼。
三月初九，被罢免和升迁的官员上朝面谢。从此以后皇帝临御逐渐减少。十六日，云南永昌生兵变。十八日，赐焦..等人以进士及第和其他不同出身。
夏四月二十三日，王家屏重新入阁。始兴妖僧李圆朗作乱，进犯南雄，被有司率兵讨伐并斩死。
六月初九，浙江生风灾，海潮泛滥。十四日，永昌叛军被平定。三十日，南畿、浙江大旱，太湖干涸，拨国库银四十万两予以赈济。
秋八月二十七日，严申匿名揭禁令。
冬十月初九，中止行刑。二十九日，完成黄河决口筑堤工程。
十二月十六日，朱翊钧告诫各位官员遇事不要争强好胜。
这一年，安南、乌斯藏曾来进贡。
■万历十八年(159o)春正月初一，朱翊钧召见大学士申时行等人于毓德宫，并引皇长子前来相见。
夏四月十三日，赈济湖广饥荒。
六月初九，免京畿受灾地区的夏粮赋税。十四日，青海部长火落赤进犯洮州，副总兵李联芳战败死去。十五日，更改宗藩先例，对无封爵者听其自便。
秋七月初一，有日食。二十六日，朱翊钧召见内阁大臣商议边防大事，同时要他们举荐将材。三十日，兵部尚书郑雒经略陕西四镇及山西、宣、大边务。当月，火落赤再次进犯河州、临洮，总兵官刘承嗣战败。
八月初四，停止扯力克互市及对其的赏赐。
冬十月初十，赈济临洮遭受战乱的军队和百姓。
十二月十六日，朱翊钧派遣朝廷大臣九人视察边防。
这一年有安南前来朝贡。
■万历十九年(1591)春正月，缅甸攻占永昌、腾越。
二月十八日，总兵官尤继先在莽剌川打败火落赤余众。
闰三月十二日，朱翊钧以出现彗星为由，命群臣修身反省。十四日，责备给事中、御史擅进讥讽皇帝之言，罚减其官俸一年。
夏四月初一，祭祀太庙。此后，庙中祭祀都遣人代替。
五月十八日，四川四哨番作乱，巡抚都御史李尚思讨伐平定叛乱。
六月十九日，王锡爵归乡探亲。
秋七月二十日，朱翊钧告诫廷臣：因国事纷纭，使得大臣争相请求辞官还乡，以后有肆行诬蔑的人要从重治罪。
八月初五，免除河南受灾地方的田租。
九月初十，许国辞官。十二日，申时行辞官。十五日，吏部侍郎赵志皋担任礼部尚书，原礼部侍郎张位担任吏部侍郎，一同兼任东阁大学士，参与机要事务。
冬十月初一，京营军官在长安门哗变。
十二月初二，下诏规定戚臣庄田数目。二十一日，河套部敌进犯榆林、延绥，总兵官杜桐将其击败。
这一年，京师生蝗灾，南畿、浙江生水灾，朝廷分别予以赈济和减免赋税。同年，琉球前来朝贡。
■万历二十年(1592)春正月二十六日，给事中孟养浩建议立太子，被施杖刑于阙下，并被削除官籍。
三月初八，宁夏已辞官的副总兵口孛拜杀害巡抚都御史党馨、副使石继芳，占据城池反叛。十一日，王家屏辞官。十二日，总督军务的兵部尚书魏学曾领兵讨伐宁夏叛贼。十八日，朱翊钧赐予翁正春等人以进士及第及其他不同的出身。
夏四月十五日，总兵官李如松提督陕西讨贼军务。二十六日，甘肃巡抚都御史叶梦熊率兵会同魏学曾讨贼。扯力克擒住贼，开关献俘，于是朝廷返还其两年互市赏赐。
五月，倭寇进犯朝鲜，攻陷王京，朝鲜王李日公逃往义州求救。
六月十九日，各路兵马进军到宁夏，贼寇引诱河套部进犯，被官军击退。
秋七月十六日，免除陕西拖欠赋税。十七日，副总兵祖成训率兵援救朝鲜，在平壤与倭寇交战，战败。二十七日，罢免三边总督魏学曾，以叶梦熊取而代之，不久逮捕魏学曾，打进监狱。
八月十八日，兵部右侍郎宋应昌经略防备倭寇之军务。二十二日，朝廷诏谕各地督抚举荐将材。
九月十六日，平定宁夏贼寇。
冬十月十六日，李如松提督蓟、辽、保定、山东军务，并担任防海御倭总兵官，援救朝鲜。同月，赈济京畿、浙江、河南受灾各府，并分别对田租予以减免。
十一月十二日，朱翊钧驾临午门，接受宁夏战俘。
十二月八日，告示天下：宁夏贼寇已被平定。
这一年，有暹罗、土鲁番前来朝贡。
■
万历二十一年(1593)春正月十九日，李如松将平壤倭寇击败。十六日，王锡爵还朝。二十六日，朱翊钧下诏封三个皇子为王，朝廷大臣据理力争，不久作罢。二十七日，李如松进攻王京，在碧蹄馆与倭寇相遇，战败。
二月二十九日，犒劳东征将士。
夏四月十九日，倭寇放弃王京而遁。
六月十四日，朱翊钧诏令天下各地每年夏季审讯囚犯，对轻犯之类予以减刑和释放，以两京为例。二十日，倭使小西飞真诚请求投降。
秋七月初一，诏谕救援朝鲜的各边镇军队返回。初三，出现彗星，命群臣修身反省。
八月初五，朱翊钧以灾异频繁为由，命内外诸臣修举实政。
冬十月十六日，中止行刑。
十二月初七，蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事务，召回宋应昌、李如松。
当年，赈济江北、湖广、河南、浙江、山东饥荒。河南矿贼大起。乌斯藏前来朝贡。
■万历二十二年(1594)春正月二十日，朱翊钧诏示天下：各省灾害频繁，尤以山东、河南、徐、淮为甚，盗贼四起，官吏玩忽职守，朝廷诏令不行，自今以后，要以安民除盗之政绩来决定罢免和升迁抚按官员。
二月初四，皇长子朱常洛出阁讲学。十六日，派官员赈济河南，并免除其田租。
三月二十五日，诏令修订国史。
夏四月初一，日食。
五月十四日，礼部尚书陈于陛、南京礼部尚书沈一贯同时兼任东阁大学士，参与机要事务。二十四日，王锡爵辞官。
六月初二，雷雨交加，西华门遭灾，诏令修身反省。
秋七月二十日，河套部长卜失兔进犯延绥。当月，延绥总兵官麻贵在下马关击败河套部敌军。
冬十月十五日，南京兵部右侍郎邢..总督川、贵军务，讨伐播州宣慰使杨应龙。二十三日，诏谕倭使入朝。当月，炒花进犯辽东，总兵官董一元将其击败。
这一年，琉球、乌斯藏入朝进贡。
■万历二十三年(1595)春正月癸卯日，朝廷派遣都督佥事李宗城、指挥杨方亨封平秀吉为日本国王。
三月二十三日，赐朱之蕃等人为进士及第以及其他不同出身。
夏五月二十六日，京师地震，朱翊钧命令群臣修身反省。
秋九月初九，青海部长永邵卜进犯甘肃，参将达云将其击败。十六日，下诏恢复建文年号。
冬十一月初三，湖广遭灾，分别予以减免赋税和赈济。
十二月初三，大学士赵志皋等人请求批留在宫禁中的奏章，未得答复。
这一年，江北生水灾，淮河水漫河堤，淹没泗州祖陵。
■万历二十四年(1596)春二月十一日，麻贵将河套部击败。
三月初八，乾清、坤宁二宫遭火灾，朱翊钧命群臣修身反省。二十五日，下诏自责。当月，火落赤进犯洮河，总兵官刘纟廷将其大败而逃。
夏四月初三，李宗城从倭营跑回王京。
五月初二，河套部之敌军进犯甘肃，总兵官杨..将其击败。初四，再次商议封倭事宜，命都督佥事杨方亨、游击沈惟敬前往。
六月，赈济福建饥荒。
秋七月初二，吏部尚书孙丕扬请求批推举补缺官员的奏章，未予答复。十三日，仁圣皇太后驾崩。二十日，开始派遣中官在畿内开矿。不久，河南、山东、山西、浙江、陕西之矿皆获准开采，以中官统领。群臣屡次进谏，皆未听取。
闰八月初一，日食。初三，大学士赵志皋奏请朱翊钧临朝执政，批章奏，结束开矿，未予答复。
九月初二，杨方亨到达日本，平秀吉拒受封号，再次侵犯朝鲜。二十二日，安葬孝安庄皇后。此月，河套部又侵犯宁夏。总兵官李如柏将其击败。当年秋天，黄河在黄土固口决堤。
冬十月十三日，中止行刑。二十二日，开始命中官专管通州专卖税收。此后，各省皆设税使。群臣屡谏不听。
十二月十三日，陈于陛死去。
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