一号基地内，一颗变异的土之灵魂树在轮回者们的疯狂培育下开始快速生长，同时，这颗变异的土之灵魂树还有一个伴生的蔓藤环绕在其身上。就算纳威人也已经很难将其与自己的“圣母”灵魂树与之联系在一起，这颗变异的土之灵魂树已经朝着一个完全不同的方向开始进化。
喀秋莎在得到从纳威人部落偷来的灵魂树之后，就在全力的培育着她，一号基地内的纳威人也是在这颗变异的土之灵魂树的控制下才成功的加入到人类阵营。
经过这次战争，纳威人已经很难想象自己将要面对什么样的敌人。
接下来的几天，毫无疑问的进入了短暂的战争空白期，这颗星球在用自己的方式储蓄着力量，准备第二次攻击。轮回者也已经收到了任务完成提示，主神空间已经提示轮回者可以提前返回空间。很多轮回者已经在人类基地兑换了各种声望道具和装备，同时，经过一次残酷的战争之后，很多人获得了大量的奖励。当然，胜利伴随着死亡，除了被派出去劫掠杰克·萨利的孩子的轮回者，剩下的十几名轮回者在这次战争中损失了将近一半。
连续的阴雨天是轮回者来到这个剧情世界第一次看到雨天，略带酸碱性的雨水让露天在外的所有生物都难以适应。所有人类和轮回者都躲入了室内或者屋檐下，就连一号基地内的纳威人也不例外。很多轮回者在接到主神空间的提示后，已经开始准备回归空间，只有少量的轮回者决定留下。
其中，主线剧情任务三给轮回者的任务时间是整整一个月，如果能守住这座基地，后期的奖励将极其丰厚。可第一场攻防战就已经让大多数轮回者见识到战争的残酷，很多人在活下来之后，根本不愿停留直接回归主神空间。
猎人和喀秋莎留了下来，因为，喀秋莎的转职任务还出现了后续的变化，变异的土之灵魂树只是其中之一。土之灵魂树变异之后，成长期相当漫长，好在有大量的能量供应减缓了这个过程。在此之前，喀秋莎已经将自己的一部分奖励交付给猎人，剩下的一张阵营转换卡也被交给了喀秋莎。
吟游诗人查斯特·贝宁顿也留了下来，狼人阿甘和那位狂战士都留了下来，这几位强大的轮回者对自己的实力有相当的自信。不管为了剧情任务奖励，还是要证明自己的极限，他们都表现出强者的优点。
大雨接连下了三四天，第四天晚上，纳威人的夜袭悄然而至。大量的飞行编队和陆地编队同时展开了攻击，在杰克·萨利的带领下，趁着夜色直接突入了一号基地内。一号基地的警报装置刺耳的轰鸣声根本赶不上从天而降的纳威人的攻势，很快，整个基地到处响起了的厮杀声和枪炮声。
一号基地的城外，已经集结了大量的纳威人的各种部落的混合编队，这群纳威人学会使用了各种攻城器械。高大的城墙已经很难阻挡这群善于攀爬的纳威人，在这次突袭中，只有零星的阻击对准攻城的纳威人。
很快，四处城门被打开，接着，那些潘多拉星的猛兽在纳威人攻开城门后开始侵入一号基地四处厮杀。各种大型野兽在基地内造成了极大的破坏，很多机械装甲被肆意破坏。人类和轮回者根本没法造成有效的防御。被撕开无数口子的一号基地仿佛被脱光了的少女，被纳威人和野兽无情的玩弄。
轮回者早就带着被控制的纳威人和一些野兽围在了变异的土之灵魂树附近。这里有一些简单的防御工事，是最近几天轮回者和人类冒雨修建的。简单粗狂的战壕在这片区域四处都是，地面上被挖的坑坑洼洼，很多地方都埋藏了大量的陷阱。人类躲在一些不易发现的地方，被土之灵魂树控制的纳威人早就混在基地各处不见踪迹。
很快，整座一号基地就被纳威人和潘多拉星的猛兽给占据，除了变异的土之灵魂树附近。
很多人类剧情人物在被突袭之后慌乱的组织防守，很多人退无可退被杀死在基地的各处，那些藏起来的人类被那些猛兽从藏匿点找出杀死。还有一部分人撤到轮回者据守的地方，在轮回者的庇佑下活了下来，其中迈尔斯·夸奇上校就是其中之一。
这位传奇的上校驾驶着一架武装机械装甲，灵活的操作着四处大杀特杀，周围几乎没有一合之敌。
很快，在变异的土之灵魂树周围到处都是纳威人和潘多拉星的野兽，密密麻麻没有任何空隙的将人类势力团团围困在其中。在整个包围圈方圆几百米内没有任何这个星球的生物踏入，仿佛有什么忌讳一样。
很快，杰克·萨利骑着他的魅影巨兽蝠魟龙从空中的纳威人群中脱颖而出，然后，对着圈内的人类喊道，“给你们一个投降的机会，马上从这个基地离开，纳威人将不再是你们的敌人”
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