最早的地球，没有任何生命。
由星尘凝聚成的球体，虽然从冰陨石中获得了水分，却没有孕育出任何活物。
直到二十三亿年前。
一个直径上千公里的巨大天体，降临地球，并在擦过地表之后，逗留在了地球卫星轨道上，形成了月亮，被称为白之月。
在撞击过程中，某个超凡的生命体，从白之月上脱离，并进入地球，穿过南北两极，贯穿地核，就是最原始的“生命之树”。
“生命之树”的本体，是能够在宇宙中旅行数百亿年的半永恒生物。它追求的，是自身的无限进化，因此需要寄生在星球上，不断吸收完美的生命基因，经过遴选之后融入自身，完成生命的蜕变。它在地球上凝聚出的第一颗果实，包含着降临地球之前，漫长宇宙旅程中的所有奥秘，并拥有自己的灵魂，这就是一切地球生命的源头——“亚当”。
亚当在这时候的数十亿年里，向着荒芜的大地海洋，散播了无数的生物种子，主导了之后的生命进化过程。
生命的进化是无限的，但是单个物种的进化却是有限的，比如三叶虫，在达到鼎盛并统治地球的三亿年之中，却完全没有任何新的变化。今天的鲨鱼，也同样有一亿年没有什么改变了。在历史上，所有这些进化到了极限，并主宰了地球的生物种群，都会遭到“亚当”的灭绝。然后，该种类会全部被生命之树吸收掉，互相补完，融合成巨大的单一生命体，被彻底封印起来，让生命之树吸收，最终形成一颗“生命果实”。这些果实，是“亚当”准备在未来用于完善自己进化之路的备用品，当制造出足够数量的“生命果实”之后，他会选择其中最完美的一个与之融合，成为自己横渡星河的样本。
这些生命果实，就是使徒的本源。
比如昼天使，就是三叶虫种群融合成的生命果实，水天使来自更古老的海洋藻类植物，霰天使则源自某种曾经遍布全球的菌类生物。在漫长的历史里，这样的种族灭绝进行了十次，有些物种留下了化石为我们所知，也有些则是消失在历史长河里，完全没有痕迹留下来。比如雷天使的本源“硅基生物”，或者空天使的本源“云中水母”，就都是完全无法用考古学揭示的失落生命体系。
如果按照正常进程，亚当会在百亿年之后，太阳接近燃尽的时候，吸收整个地球的能量，再次飞上月球，驾驶这巨大的星体飞行器，借助太阳自爆成超新星的冲击波，向着更遥远的星球远征。
如果没有那个意外的话。
意外发生在七千万年之前。
亚当从来没有想到，会在茫茫宇宙之中，碰到同类，所以当他发现危机的时候，被称为“黑之月”的第二个宇宙天体，已经降临地球了。这个天体比白之月小很多，降落在现在第三新东京市的地点。
蕴藏在黑之月里的，是生命之树的同类宇宙生物，却拥有着完全不同的进化方向，被称为智慧之树，而它也诞生了自己的第一颗拥有灵魂的果实——莉莉丝。
莉莉丝和亚当是同源，但有着完全不同的进化道路，亚当走的是纯粹的基因进化路线，只有生存能力最强的基因，才是他的发展方向。而莉莉丝走的，则是智慧进化路线，通过积累庞大的知识，来增加生存的能力。所以，她的本体力量远远不如亚当。
一山不容二虎，莉莉丝和亚当意外碰面，立即在地球上展开了争夺生存空间的殊死对抗，最后两败俱伤。当时亚当培养的恐龙族群彻底灭绝，亚当陷入沉睡，而黑之月则被巨大的力量蒸发，留下了第三新东京市地下的球形空洞（后来人们发现它之后，将其中大部分填埋，才形成了地下基地）。
在这场战斗中，莉莉丝也失去了行动能力，却没有沉睡，依旧保持着智慧。她发现智慧之树和生命树都遭到了毁灭性的毁坏，今后谁也无法单独再次进化了，只有将两树互相融合，才有机会再次飞向宇宙。
为了寻求再生，莉莉丝经过数千万年的修养和孕育，终于在大约三百万年前凝聚出了足够的力量，驱动智慧之树向整个地球散步了自己的种子。由于进化方向不同，智慧之树孕育的不是生命之树那样完整的生物种子，而是能够改变生物脑部构造的因子。这些因子和当时的古猿猴结合，扭转了它们的进化方向，生成了有智慧的生物，也就是后来的人类。
莉莉丝通过增强人类的智力，令他们打破了亚当遵循的"物竞天择适者生存"的进化原则，贯彻了自己坚持的“智者生存”的概念，通过对工具的运用，获得了远胜于亚当制造的生命的竞争能力，并最终统治了地球。
散播智慧，令莉莉丝也失去了全部能量，陷入了沉睡。
而得到了智慧的原始人类，则偶尔能从基因记忆里，得到一点点莉莉丝遗留的指点。
这种指点的出现间隔，往往是以千年为单位计算的，隐晦的基因记忆，形成了古老的宗教，并不断在巫师、祭祀和僧侣的冥想祈祷中，被发掘、拼凑、整理出来，形成个各种散碎的神话传说。
比如，智慧树和生命树，被传说成了伊甸园的双树，而亚当和莉莉丝，则成了最早的人类始祖。莉莉丝关于盗用亚当身体，制造新战斗个体的计划，被扭曲成了夏娃的诞生神话。
直到二十世纪末，人类终于找到了第三新东京市地下的大空洞，并且在那里挖掘到了莉莉丝的本体，才彻底揭开了自身的存在之谜。
人类明白了自己并非自然进化产物，也知道一旦亚当醒来，必定彻底清除人类，更确定莉莉丝已经无法保护人类了。
所以他们只能前往南极，找到了亚当沉睡之地，用莉莉丝遗留的方法，在亚当体内注入带有生命之果的人类基因，借以吸干他的能量，将他封印回胚胎状态。
封印过程中散逸的多余能量，形成了几乎毁灭世界的第二次冲击。
而亚当被封印之前，为了反击人类，也解除了所有“生命之果”的束缚，将它们散播到世界各地，这些生命之果纷纷觉醒，并得到了亚当的承诺，知道它们只要能找到亚当的身体，就可以与之结合，重新恢复成足以航行宇宙的样子。由于它们也基本都受到了注入的人类基因的污染，所以和人类拥有十分近似的基因。不过它们不知道，现在的亚当的生命之树已经破碎，只有同时吸收亚当和莉莉丝的生命之树，才能成为完整的形态。
经过十五年，使徒们渐渐生长成型，形成了巨大的战斗形态，然后逐一苏醒，开始寻找亚当，不过由于亚当和莉莉丝都是一样的物种，加上人类的误导，它们一直不知道自己是冲着莉莉丝去的。
而人类最高组织SEELE，也就是NERV的幕后老板们的目的，就是让莉莉丝吞噬亚当恢复力量，然后统融合智慧之树吞噬生命之树，最后将全人类凝聚成最终的生命果实，与莉莉丝同化，形成完美的生物，令全人类的灵魂，与莉莉丝一起得到永生。
这就是《人类补完计划》的真面目。（新剧场版的，和老TV版已经不是一个世界了。）
不过在启动《人类补完计划》之前，必须先杀光所有可能碍事的使徒，因为使徒已经是完好的生命果实了，一旦在使徒死光之前发动全球的话，莉莉丝必然会先把使徒吸收进来，那就没有人类的位置了。
根据莉莉丝遗留的记忆，亚当最初拥有的生命果实有十颗，封印亚当时候强行产生的人形使徒“渚熏”是第十一个。加上最初的生命果实亚当，一共是生命树的十二使徒。（把从智慧树诞生的莉莉丝和人类算进去的话，就是十四个使徒。）
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“也就是说，在力天使之后，还有三位使徒需要消灭，没有干掉它们之前，不可能抢先发动人类补完计划。”站在第三新东京市中心处的巨大天坑前面，墨释君俯瞰着地下空间，完全无视于那冲天而起的火柱，自言自语道。
此时的地下空间，硝烟正在散开，力天使黑沉沉的巨大身影，从巨大的爆炸坑底出现，并伸出大嘴，向着烧焦的零号机咬去。
在这一瞬间，墨释君双拳用力一握，却不知是准备出手阻止，还是要冷眼旁观。
按照原本的剧情，这一咬之后，零号机连同驾驶舱里的绫波丽，应该被力天使一口吞下。之后，力天使会吸收零号机和绫波丽的因子，从原本拖把般的身体后方，增殖出一个一百多米高没有头的白色女性身躯，体型就和绫波丽一般，然后盗用零号机的身份识别码，将自身波形变成属于EVA的橙色，才向着更深的地下进攻。
在这种伪装模式之下，NERV的防御系统会将它当作友军，从而避免原本设定的“有使徒进入下层就自爆总部”的程序被激发。
而对于墨释君而言，零号机被吞噬，也是一个对自己有利的变化。
这段剧情，正是原著里钦定的“初号机获得S2机关永恒动力”的机会。无论新旧版，初号机都在这段剧情中大暴走，轻易击败了力天使并吸收了它的S2机关，从此成为不需要外接电缆就能行动的机体。
同时，将绫波丽收入初号机，也会令初号机更加强大。
新剧场版和旧版不同，初号机不是第二使徒莉莉丝的分身，而是第一使徒亚当的四个本体之一，真正的神之体。当它吸收拥有莉莉丝灵魂的绫波丽，以及同样来自亚当的力天使的S2机关之后，几乎同时凑足了“亚当、莉莉丝、EVA”这三大要素，接近到直接发动第三次冲击的水平，如果不是后背中了渚薰一枪，也许直接就能开启人类补完计划了。（当然也可能不行，因为还差了亚当的灵魂、莉莉丝的身体和正版隆基努斯之枪。）
所以，当力天使伸出长嘴，想要吃掉零号机的时候，墨释君不由得有些犹豫，是跟着原本的剧情走，让自己的初号机力量更上一层楼，还是阻止力天使，在初号机没有赶到的时候，跟力天使一战呢？
不过那也只是一丝犹豫，刹那间就消失无踪。
时间只有一瞬，力天使张开的大嘴，已经快要到达零号机的头上了。
就在这时，只听“轰”的一声，雪亮的光芒照亮地下空间，一道粗大的龙形光束，宛如巨大的神剑，从天而降，贯穿了力天使的大嘴。
天空里，一个少年的身影正从大空洞处落下，张开的手掌上光芒尚未散尽，而他的声音，也在比光线晚了几秒之后，才姗姗传来。
“以我之名，出来吧，雷牙！”
……绫波，既然你曾不惜性命挡在我面前，那么，我就不会放任你遭受任何危险……
“嘶嗷嗷嗷嗷嗷嗷————————”力天使的体内，发出了一串惨叫，几乎断成两截的嘴巴立刻被收了回去，同时转过身，将骷髅面具对准了天空里的罪魁祸首。
“嗖嗖嗖嗖————”只见光芒连闪，力天使已经对着伤害自己的渺小敌人，发出了最强的十字光炮攻击，要用最迅猛的攻势，报复这个突然跑出来伤害自己的敌人。
墨释君也毫不示弱，再次召唤兽魔晶的力量，连续放出雷牙光龙，和力天使的光炮斗在了一起。
“咚咚咚咚咚咚咚咚咚咚咚咚——————————”
双方的光炮一碰，立刻炸开漫天火光，虽然没有N2炸弹爆炸时候那么场面浩大，但能量远为凝练，实际威力也更加恐怖。
这些光炮对撞，立刻显出了强弱，以雷天使最强主炮模式催发的金色光龙，每一发的威力，都更胜力天使的十字光炮几倍，但是射击频率却远远不如，力天使完全可以用三四记光炮对抗一次光龙攻击，还有抽空反击的余地。而雷牙虽然也继承了雷天使的其他光术攻击模式，但是那样一来，单发的威力又不足了。唯一的射程优势，在这封闭的地下空间里，却是完全显示不出来。
最后，墨释君只能凭借自身形体渺小和速度超快的优势，让身影像瞬间移动一样，不停在地下空间闪烁，留下一个个残像，竭力闪避力天使的光炮，才将战局维持在了旗鼓相当的地步。
而这时候力天使，已经将自己的百重绝对领域收回护身了，虽然防御力比不上空天使的黑色绝对领域，但是加上其本体的超强防御力，要挡下墨释君的雷牙光龙，却也并不太困难。
好在，墨释君还有帮手。
就在两边光潮对轰造成的耀眼光海之中，一个红色的巨大身影，摇摇晃晃地，从一个正八边形的大坑里站了起来。
2号机，明日香的2号机，之前被力天使的百重绝对领域压在地底下，直到此刻才爬上来。
“切，这是怎么回事？”明日香操纵着巨大的机体站起来，却看见远方被一片密集闪烁的巨大光团包围，由于墨释君的身体相对微小，速度又快，她根本没看见，只感觉从地下空间的各处不断喷出巨大的龙形光束，跟力天使的十字光炮对轰，旗鼓相当，不由得抱怨起来，“搞什么啊，总部居然装备了这么强的防御炮火，美里也不告诉我，如果早点给我拿出来的话，怎么会让使徒如此得意？”
由于光炮对决造成的强烈电磁波干扰，几乎完全屏蔽了无线电信号的通信，而2号机背上的电缆断裂，又阻隔了有线通信，所以明日香的抱怨，却是无法传递到总部了。
不过，多了一台EVA，对于墨释君而言，却是极大的帮助。
他立刻移动位置，出现在2号机的肩头，一面发射雷牙光龙对抗力天使，一面对着2号机喊道：“明日香，你先带着零号机撤退，换上电源再过来！”
“真……笨蛋真嗣？你……你你……”
明日香明显对于眼前少年从“笨蛋真嗣”转职成为“人形高达”表示迷茫，愣了一下之后，马上叫道：“笨蛋真嗣，你……你被律子人体改造了？”
“啊？当然不是，律子可没这么高的技术。”墨释君被明日香问得一愣，随口答道。
明日香马上顺着自己的思路问下去：“那么，你其实是人形使徒，碇源堂司令是使徒的父亲？”
“呃……”墨释君一时间哑口无言。
……虽然思路诡异，但是恭喜你，明日香，你真相了……
墨释君已经将雨天使的兽魔晶植入体内，说是一个人形使徒，丝毫不冤枉，甚至连力天使的攻击判别系统，也直接将他当做同类处理。而碇源堂虽然本来是人类，但是似乎已经融合了加持良治给他带来的“布尼甲尼撒之钥”，也就是四具亚当身躯中，被封印回胚胎的那一具。从某种意义上说，现在的老碇可以说是“亚当”的分身之一，所有使徒的父亲。
摇了摇头，墨释君终于找回了被金发少女歪掉的话题，毕竟对面力天使的光炮非常猛烈，仅仅他站住的这么一会功夫，已经被压得几乎抬不起头了，若非他自己的绝对领域也全力张开，说不定2号机早就被轰飞了，所以他大声喝道：“现在不是讨论这个时候，赶快带着零号机撤退！”
“切……算了，就这样吧。”明日香看看墨释君，感觉他掌心喷发的光流堪比阳电子炮，而力天使那边似乎还占据优势，这样的战斗，不是失去武器的自己能插手的，不由得再次哼了一声，答应道：“你给我坚持到我回来，我可还有很多话要问你。”
当下，墨释君再次开始游击战术，引开力天使的注意力，2号机趁机冲到零号机身边，抱起那几乎烧焦的机体，向着远处的地下通道逃去。对于这些普通等级的EVA，力天使选择了忽略，毕竟现在它主要需要面对的，是墨释君这个大敌。
而依旧落在下风的墨释君，在2号机巨大的红色机体消失于地表的同时，也感觉到了另一边的精神联系从远及近，不由得微笑道：“抱歉了，明日香，看来你是没什么机会再加入到这场战斗里来了。”
半分钟之后，已经占据了绝对优势的力天使，忽然停止了炮击，将自己的正面转向了天顶大空洞的方向。
而墨释君也同时收手后退。
“嗷嗷嗷嗷嗷嗷嗷嗷——————————”
随着一声暴戾的咆哮，紫色的独角巨人从天而降。
初号机，终于赶来了。
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